Menurut Al-Attas, proses islamisasi merupakantanggapan akan bentuk dan upaya nyata dari paham yang tercipta di Barat, yaituSekulerisme. Beliau menolak konsep sekulerisme yang terjadi pada peradaban Baratkarena Worldview antara Barat dan Islam sangat jelas berbeda. Konsep sekuleryang menjiwai barat yaitu memisahkan antara fisik dan metafisik. Sedangkandalam Islam, kedua unsur tersebut mendapatkan perhatian lebih untuk mencarikebenaran.
Akibatnya, sekulerisme ini berdampak pada ilmupengetahuan modern yang tidak netral dan telah diinfuskan di dalamnyapraduga-praduga agama, budaya dan filosofis yang berasal dari refleksikesadaran dan pengalaman manusia Barat. Ilmu pengetahuan yang seharusnya menuntunpada keadilan dan perdamaian kini justru menimbulkan kekacauan dalam kehidupanmanusia.
Beliau juga menerangkan bahwa Agama Islam tidak memposisikan manusiaatau mendewakan akal manusia sebagai tolak ukur bagi segala hal. Hal inilahyang mendesak Islamisasi ilmu pengetahuan penting untuk dilakukan.
Dari definisi Islamisasi al-Attas, beliaumelihat islamisasi merupakan upaya pembebasan dari unsur-unsur magis dan carapandang sekuler. Pembebasan dari sikap tunduk pada tuntutan fisik yang manacenderung sekuler dan tidak adil pada dirinya sendiri maupun jiwanya.
Jikadihubungkan dengan ilmu pengetahuan kontemporer, islamisasi berarti pelepasanatau pembebasan ilmu pengetahuan dari interpretasi yang berbasis ideologisekuler, makna dan ungkapan sekuler. Serta, ketidakadilan yang dimaksudkan olehAl-Attas berupa ketidakmampuan dalam meletakkan sesuatu pada posisi atau tempatyang seharusnya.
Terdapat beberapa langkah yang dilakukan olehAl-Faruqi untuk proyek Islamisasi pada ilmu pengetahuan barat yang sekuler.Pertama-tama, sains barat harus dibersihkan dan dipilah-pilah terlebih dahuludari unsur-unsur sekuler atau yang bertentangan dengan ajaran agama Islam,yaitu magis, mitologis dan animis. Setelah melalui langkah pertama tersebut,maka ilmu bisa dianggap netral.
Kedua, merumuskan dan memadukan unsur Islamyang esensial dan konsep-konsep kunci sehingga menghasilkan komposisi yangmerangkum pengetahuan inti. Setelah langkah tersebut, maka ilmu pengetahuantelah menjadi ilmu Islam.