Latar belakang berdirinya Organisasi Muhammadiyah di Indonesia tidak lepasa dari pengaruh gerakan pembaharuan islam (gerakan islam moderen) di Timur Tengah yang dibawakan oleh beberapa tokoh, diantaranya yaitu : Ibnu Taimiyah, Muhammad bin Abdul Wahab, Jamaludin Al Afghani, Muhammad Abduh dan Muhammad Rasyid Ridho. Di Indonesia sendiri gerakan-gerakan pembaharuan diperkirakan mulai meluas sekitaran abad ke 20, salahsatu contohnya yaitu berdirinya Organisasi Muhammadiyah.
Muhammadiyah didirikan pada tanggal 18 November 1912 Miladiyah yang bertepatan dengan tanggal 8 Dzulhijjah 1330 Hijriyah yang didirikan oleh K.H. Ahmad Dahlan tepatnya di Yogyakarta. Hal tersebut tidak lepas dari latar belakang dan pengalaman keagaman K.H. Ahmad Dahlan sendiri.
Dalam berdirinya organisasi Muhammadiyah, K.H. Ahmad Dahlan sebagai pendiri memiliki tujuannya sendiri, yang dimana tujuannya ini tertera dalam Anggaran Dasar Muhammadiyah pasal satu : Muhammadiyah adalah Gerakan Islam dan Da'wah Amar Ma'ruf Nahi Munkar Berasaskan Islam dan Bersumber pada AlQur'an dan Hadits.
Faktor yang melatar belakangi berdirinya Muhmmadiyah, Prof. Dr.Mukti Ali dalam bukunya "interpretasi Amalan Muhammadiyah" menyimpulkan adanya empat faktor yang cukup menonjol, yaitu:
1. ketidakbersihan dan campur -- aduknya kehidupan agama Islam di Indonesia
2. ketidak efisienan lembaga-lembaga pendidikan Islam
3. aktifitas misi-misi katholik dan protestan
4. sikap acuh tak acuh, malah kadang-kadang sikap merendahkan dari golongan intelegensi terhadap Islam
Muhammadiyah dikenal sebagai organisasi yang telah mengembuskan jiwa pembaruan pemikiran Islam di Indonesia dan bergerak di berbagai bidang kehidupan umat. Pada masa pergerakan Nasional Indonesia, Muhammadiyah memiliki begitu banyak peran diberbagai bidang, salahsatunya dibidang pendidikan. Sepertinya organisasi Muhammadiyah memiliki cara lain dalam memainkan perannya pada masa pergarakan nasional, yaitu dengan cara berusaha mencerdaskan masyarakat pribumi. Hal ini tentu menarik dan rasional, dimana seseorang akan sadar akan rasa nasionalisme apabila faham betapa pentingnya mempertahankan hak dan sadar bahwa kebebasan itu miliki semua manusia dan semua manusia berhak menentukan nasibnya masing-masing.
Muhammadiyah bergerak di bidang pendikan dengan cara mulai membangun sekolahan-sekolahan sebagaimana yang terjadi di kota Kudus. Di kota kudus Muhammadiyah membangun sekolah SD dan SM, Diantaranya adalah SD Muhammadiyah yang dibangun sekitar tahun 1920 dan SMP Muhammadiyah satu Kudus yang dibangun sekitar tahun 1946. Dan di susul MI muhammadiyah satu yang berdiri tahun 1950 dan kemudian di susul dengan MI Muhammadiyah 2 yang berdiri tahun 196.