Kereta api merupakan salah satu alat transportasi yang paling banyak digunakan di Indonesia. Kereta api menjadi pilihan untuk perjalanan jarak menengah dan jauh. Perkembangan perkeretaapian di Indonesia sangat erat kaitannya dengan masa pemerintahan Hindia Belanda.
Sejarah awal perkeretaapian di Indonesia dimulai pada tanggal 17 Juni 1864 ditandai dengan pembangunan jalur Samarang - Tanggung, dan diresmikan oleh Gubernur Jenderal Hindia Belanda, Mr. L.A.J Baron Sloet van de Beele. Proyek tersebut dikerjakan oleh perusahaan kereta api swasta asal Belanda Nederlansch Indische Spoorweg Maatschappij (NISM) dengan lebar lintasan 1435 mm. Sejak saat itu pembangunan jaringan kereta api di Jawa mulai merata, baik yang dibangun oleh (NISM) maupun (SS).
Disisi lain Staatsspoorwegen (SS) yang merupakan perusahaan pemerintah Hindia Belanda juga melakukan ekspansi di pantai utara Jawa Timur dengan membangun jalur Kalisat - Panarukan yang melewati Bondowoso dan dibuka pada 1 Oktober 1897 sebagai bagian dari proyek jalur kereta api Jember-Panarukan. Stasiun di jalur ini memiliki penampilan yang sangat memukau karena menampilkan arsitektur neoklasik dan Indische Empire. Dan di jalur ini juga tepatnya di Stasiun Situbondo ada cabang yang menuju Pabrik Gula Panji yang sudah tutup.
Awal pembangunan ini dapat ditelusuri dari proyek besar Staatsspoorwegen (SS) untuk membangun rel kereta api yang menghubungkan pulau Jawa. Salah satunya jalur Probolinggo - Kalisat - Panarukan.
Staatsspoorwegen (SS), yang didirikan pada 6 April 1875, langsung bergerak cepat dengan menggunakan Hibah Pembangunan Kereta Api Hindia Timur Belanda untuk membangun jalur Kereta Api Bogor - Yogyakarta,Solo - Surabaya dan Surabaya - Malang, serta Surabaya - Probolinggo.
Ketika Staatsspoorwegen (SS) setuju untuk membangun jalur - jalur tersebut, rel kereta api diperpanjang hingga pelabuhan Panarukan, yang dihubungkan oleh jalan Pos Daendels ke kota-kota penting lainnya di Jawa pada saat itu. Jalur Probolinggo - Panarukan sendiri termasuk dalam perjanjian tanggal 23 Juni 1893 yang banyak di antaranya mengatur aturan cabang di Pasirian untuk mengangkut pasir besi.
Awalnya Staatspoorwegen (SS) memutuskan untuk membangun jalur cabang dari Randuagung, namun pada tahun 1894 Staatspoorwegen (SS) memindahkan jalur cabangnya ke stasiun Klakah.
Setelah pembangunan jalur kereta api Pasuruan-Probolinggo selesai pada tahun 1884, Staatspoorwegen (SS) melanjutkan pembangunan hingga Jember, Staatspoorwegen (SS) membangun jalur tersebut dengan susah payah. Rel kereta api sendiri melewati hutan dan ladang, melewati tempat yang sulit dijangkau, hingga akhirnya mencapai Jember pada 1 Juli 1897. Kemudian yang terakhir, Jember-Kalisat-Panarukan, dibuka pada 1 Oktober 1897.
Stasiun Bondowoso dibangun pada tahun 1893 dan dibuka pada 1 Oktober 1897 oleh Staatsspoorwegen (SS) bersamaan dengan beroperasinya jalur kereta api Jember-Kalisat-Bondowoso-Panarukan.
Jalur ini merupakan kelanjutan dari jalur kereta api yang sudah ada yaitu jalur Pasuruan-Probolinggo yang beroperasi pada tahun 1884.