Bagian terakhir dari APBD adalah pembiayaan. Pembiayaan merupakan setiap penerimaan yang harus dibayarkan kembali dan/atau pengeluaran yang akan diterima kembali, baik pada tahun anggaran yang bersangkutan maupun tahun-tahun anggaran berikutnya. Semenjak tidak lagi diberlakukannya prinsip anggaran yang berimbang, kondisi APBD dimungkinkan untuk berada dalam keadaan defisit.
APBD yang defisit adalah APBD dimana jumlah pengeluaran pada suatu Pemerintah Daerah lebih besar dibandingkan dengan jumlah penerimaannya. Budi S. Purnomo, dalam bukunya yang berjudul Obligasi Daerah (2009) menyebutkan bahwa secera teoritis pinjaman daerah dibagi kedalam sembilan jenis, salah satunya adalah penerbitan obligasi daerah.
Obligasi merupakan salah satu atau sebagai alternatif pendanaan untuk menutupi defisit anggaran negara dengan memberikan kupon pada pemilik obligasi hal ini menyebabkan para investor melakukan investasi ke dalam bentuk obligasi.
Dengan adanya obligasi yang diterbitkan oleh pemerintah akan memberikan alternatif pilihan investasi modal kepada para investor sehingga akan mendorong terjadi arus transaksi di pasar keuangan yang efisien.
Penerbitan obligasi daerah dapat menjadi salah satu pilihan bagi pemerintah daerah untuk menutupi kekurangan di dalam APBD nya. Obligasi daerah di Indonesia termasuk pada instrument keuangan yang relatif baru karena selama 32 tahun pemerintahan orde baru, sistem pengelolaan keuangan bersifat sentralistik.
Sentralistik adalah pengaturan kewenangan dari pemerintah daerah kepada pemerintah pusat untuk mengurusi urusan rumah tangganya sendiri berdasarkan prakarsa dan aspirasi dari rakyatnya yang membuat pemerintah daerah tidak mungkin mengeluarkan obligasi.
Obligasi daerah merupakan salah satu bagian dari pinjaman daerah yang bertujuan untuk mempercepat pertumbuhan ekonomi daerah dan meningkatkan pelayanan kepada masyarakat.
Pada dasarnya, obligasi adalah surat bukti hutang kepada suatu pihak tertentu yang harus dilunasi dalam jangka waktu yang telah ditentukan. Orang yang mengeluarkan obligasi disebut dengan emiten, dan pihak yang membeli obligasi disebut sebagai investor. Biasanya, pinjaman dengan obligasi ini memiliki jangka waktu lebih dari satu tahun.
Dalam Undang-undang yang berlaku di Indonesia, pengertian obligasi terdapat dalam UU Pasar Modal No. 8 Tahun 1995, yaitu suatu bentuk alternatif instrument/ efek/ surat berharga yang dapat dipakai untuk bukti berhutang/mendapat pendanaan dari sumber lain yang dapat diperjualbelikan di pasar modal dan harus memiliki jaminan untuk pemenuhan janji (pengembalian pokok, bunga dan janji lainnya), serta dapat diterbitkan oleh pemerintah baik pusat ataupun daerah dan perusahaan berbadan hukum lainnya. Di Indonesia, obligasi daerah biasanya memiliki jangka waktu lebih dari lima tahun.
Obligasi ini diterbitkan dalam mata uang Rupiah dan ditawarkan kepada masyarakat umum melalui pasar modal di dalam negeri. Dalam buku yang sama, Budi S. Purnomo mengemukakan beberapa manfaat obligasi daerah, yaitu membiayai defisit anggaran, sumber dana jangka panjang, membiayai suatu proyek yang bersifat strategis, percepatan pembangunan daerah, pemberdayaan potensi ekonomi daerah dan masih banyak lagi.
Dalam panduan penerbitan obligasi daerah yang dikeluarkan oleh Direktorat Jenderal Perimbangan Keuangan Departemen Keuangan tahun 2007, menyatakan bahwa penerbitan obligasi daerah bertujuan untuk membiayai suatu kegiatan investasi sektor publik yang menghasilkan penerimaan dan manfaat bagi masyarakat pada daerah tersebut.