Setara Institute suskes menuai protes dari pimpinan daerah kabupaten/kota yang merasa dirugikan nama baik kota tersebut akibat riset survei yang "ngawur".
Walikota Banda Aceh adalah salah satu dari beberapa pimpinan daerah lainnya yang melayangkan keberatan hasil survei kota toleran kepada Setara Institute.
Pasalnya Kota Banda Aceh berada diurutan 2 paling bawah kota kurang toleran dengan Indeks Kota Toleran (IKT) 2,830. Aminullah Usman pun mempertanyakan indikator, dasar, serta sampel yang digunakan Setara Institute untuk menggelar survei.
Menurut Aminullah, kerukunan umat beragama di Banda Aceh sangat penting, terutama dalam rangka menguatkan berbagai sektor pembangunan, pariwisata, membangun infrastruktur, dan mendatangkan investor.
Secara faktual kerukunan hidup masyarakat Aceh juga sangat harmonis. Dengan warganya yang heterogen hampir tidak ada masalah, baik dalam mendapatkan pelayanan publik, sosial, dan hak-hak dasar lainnya sebagai warga kota.
Bahwa masyarakat Kota Banda Aceh didominasi oleh ummat Islam, hal itu tidak bisa mengatakan Kota Banda Aceh tidak toleran. Karena itu Aminullah menganggap hasil survei Setara Institute cacat logika ilmiah, tidak faktual, dan cenderung kurang objektif.
Setara Institute dalam suveinya yang kontroversial tersebut menggunakan empat variabel yang diukur, yaitu regulasi pemerintah kota, tindakan pemerintah, regulasi sosial, dan demografi agama. Namun tidak dketahui berapa lama survei ini dilakukan. Berdasarkan keempat variabel itulah yang menjadi dasar analisa untuk mendapatkan indeks.
Barangkali demografi agama (Islam) memiliki hubungan negatif dengan toleran. Jika hipotesisnya seperti itu, maka terdapat kemungkinan yang lebih besar Kota Banda Aceh menjadi Kota Tidak Toleran. Sebab semakin banyak penduduk yang beragama Islam semakin rendah indeks toleran.
Namun sayangnya pihak Setara Institute tidak secara terbuka dan transparan dalam ini. Alangkah lebih bagus jika LSM itu memaparkan metodologi surveinya kepada masyarakat secara terbuka.
Sehingga para peneliti lain bisa mengkritisi dan jika memungkin diseminarkan diuji publik.
Sementara kota dengan indek toleran paling tinggi adalah Kota Singkawang 6,513. Kota Singkawang sebuah kota kecil yang berada di Propinsi Kalimantan Barat atau sebelah utara Kota Pontianak.
Kota ini hampir tidak begitu terkenal. Bahkan banyak masyarakat Indonesia yang jarang mendengar nama Kota Singkawang dalam berbagai prestasi nasional. Nama Singkawang sendiri berasal dari bahasa Hakka, San khew jong yang mengacu pada sebuah kota di bukit dekat laut dan estuari.