Transintegrasi Ilmu adalah konsep yang ditawarkan dengan mengintegrasikan antara ilmu agama dan sains. Dalam menjalankan perintah agama sudah barang tentu akan melibatkan kaidah-kaidah sains yang telah dikembangkan diteliti oleh para saintis. Misalkan dalam menentukan apakah suatu kandungan zat haram atau halal, campurtangan para saintis barang tentu sangat dibutuhkan oleh para pemangku agama dalam mengambil fatwa. Disisi lain, dalam pengembangan ilmu pengetahuan khususnya dalam bidang sains, para saintis seharusnya di tuntun oleh dasar agama, agar ilmu yang dikembangkan bermanfaat dan tidak berdampak buruk terhadap kemanusian. Oleh sebab itulah, mengintagrasikan ilmu agama dan sains menjadi satu ilmu yang utuh merupakan suatu bentuk upaya untuk mengembalikan kaidah pengembangan ilmu yang sesuai dengan tujuan dan manfaat yang diinginkan.
Kaidah-kaidah dasar dalam ilmu sains seperti matematika, kimia, dan lainnya, banyak ditemukan oleh para ilmuan terdahulu yang juga mengerti akan agama. Namun seiring dengan perkembangan zaman, ilmu sains dipisahkan dengan pengetahuan agama, hal ini dapat mengakibatkankan jauhnya pengembangan ilmu pengetahuan dengan agama, serta agama yang menjadi kolot tidak dapat beradaptasi dengan perkembangan ilmu pengetahuan. Konsep transintegrasi ilmu ini mencoba untuk mengembalikan marwah ilmu pengetahuan yang lahir dan dilandaskan agama.
Disisi agama, penyampaian ilmu tauhid dapat dikembangkan dengan pendekatan sains. Dengan menggunakan sains eksplorasi terhadap suatu fenomena dengan kaidah sebab akibat akan berbuntut pada suatu hal yang tidak memenuhi kaidah sebab dan akibat. Pada titik itu, peran ilmu agama akan sangat menjelaskan akan keberadaan tuhan dan ciptaannya. Disisi sains, pengembangan ilmu sains yang didasarkan pada pengetahuan-pengetahuan yang didapat dalam al-quran dan hadist juga banyak muncul. Seperti bagaimana proses terciptanya manusia dari sel sperma yang lebih dulu diceritakan di dalam al-quran. Oleh sebab itulah, sangat penting untuk menkaji agama dengan sains dan mengembangkan sains berdasakan dengan agama.
UIN Sulthan Thaha Saifuddin Jambi berusaha untuk mengembangkan Paradigma Transintegrasi Ilmu untuk melahirkan ulama-ulama yang memahami sains, dan saintis yang memiliki dasar ilmu agama yang kuat.