(Mustakim2020:8) mengatakan bahwa rata-rata kendala yang dihadapi oleh pelajar maupun mahsiswa saat pembeajaran online yaitu jaringan yang kurang memadai, pemberian tugas yang diberikan oleh guru maupun dosen, sulit fokus pada pembeajaran, kuota internet yang terbatas, serta aplikasi yang sulit dipahami. Sehingga para peajar lebih menyukai pembelajaran secara tatap muka.
Dan dari kendala-kendala tadi  menjadikan beberapa dampak negatif bagi para peajar terlebih bagi yang bearada di pondok pesantren.Â
Adapun dampak negatif tersebut yaitu:
1. Penurunan capaian belajar
Untuk dampak negatif ini bukan hanya pelajar yang ada di pondok saja yang mengalami, akan tetapi rata-rata para pelajar saat melakukan pembelajaran daring capaian  belajarnya menurun, karena penjelasan dari guru itu kurang maksimal apalagi jika hanya melakukan pembelajaran dengan sarana Wa (whatsapp) saja, yang mana guru hanya mengirimkan materi dalam bentuk soft file tanpa ada penjelasan langsung dari guru.Â
Dan hal inilah yang membuat pencapaian belajar peserta didik menurun. Beda lagi jika guru menggunakan sarana lain yang bisa dengan langsung guru tatap muka dengan peserta didik seperti Zoom atau Google meet. Karena melalui aplikasi tersebut guru bisa secara langsung menjelaskan materi kepada peserta didik.
 Akan tetapi minimya kuota yang dimiliki oleh peserta didik apalagi santri yang uang sakunya biasanya pas-pasan akan susah mengikuti pembelajaran yang menggunakan aplikasi dengan mengeluarkan kuota lebih banyak.
2. Kurang sosialisasi dengan santri yang lain
Pembelajaran daring yang menggunakan hp membuat interaksi antar santri itu berkurang, karena mereka lebih fokus pada hp mereka dari pada orang-orang disekitarnya dan sudah kita ketahui bahwa hp itu membuat orang yang menggunakan menjadi kecanduan sehingga lupa dengan keadaan orang sekitarnya.Â
Seperti halnya saat sedang berkumpul dengan santri yang lain pasti mereka hanya saling diam sambil main hp tanpa ada percakapan diantara mereka. Hal inilah yang sangat disayangkan karena hp membuat kurangnya komunikasi antar sesama santri.
3. Menganggu kefokusan saat mengaji
Dengan adanya pembelajaran daring pastinya guru lebih sering memberi tugas pada peserta didik sebagai cara untuk mengetahui sampai mana pemahaman peserta didik terhadap materi yang telah disampaikan oleh guru. Karena banyaknya tugas sekolah para santri kerap kali tidak focus atau bahkan mengantuk saat ada jam mengaji.
Kurangnya pengalaman di sekolah
Kita tahu bahwa pembelajaran daring dimulai sejak awal bulan Maret 2020, jadi bagi para peserta didik baru pasti beum pernah merasakan bagaimana berkenalan dan berinteraksi dengan sekolah dan teman baru sehinga jika mereka bertemu tidak tegur sapa dan saling mengenal satu sama lain.
Ketertinggalan tugas sekolah
Minimnya penggunaan hp di pesantren membuat peserta didik tertinggal tugas yang terkadang guru memberi tugas saat malam hari, yang mana kalau di pesantren malam hari itu sudah tidak diperbolehkan menggunakan hp. Karena jam malam adalah waktu untuk mengaji.
Boros
Yang namanya santri itu diajarkan untuk hidup mandiri dan sederhana, uang saku saja sudah diperhitungkan dan apalgi dengan adanya pembelajaran daring yang pastinya membutuhkan kuota yang jumlahnya tidak sedikit. Hp digunakan tidak sesuai dengan kebutuhan sekolah.
Contoh pada zaman sekarang yaitu penggunaan aplikasi tiktok yang sangat digemari oleh banyak orang mulai dari anak kecil, remaja, para artis bahkan orang tuapun juga menggemari tiktok. Hal inilah yang menjadi salah satu pengganggu saat pembelajaran daring, siswa lebih tertarik untuk bermain tiktok daripada mengikuti pembelajaran.