Indonesia merupakan negara kepulauan dengan garis pantai 81.900 km, memiliki kawasan perbatasan dengan 10 negara, baik perbatasan kontinen maupun laut (maritim). Kawasan perbatasan kontinen Indonesia, tersebar di tiga pulau (Kalimantan, Papua, Timor) yang masing-masing wilayahnya memiliki karakteristik berbeda. Pada kawasan perbatasan maritim, pada umumnya berupa pulau-pulau terluar yang jumlahnya 92 pulau termasuk pulau-pulau kecil, beberapa di antaranya mempunyai masalah dengan negara tetangga.
Sebagian besar kawasan perbatasan di Indonesia, masih merupakan kawasan tertinggal dengan sarana dan prasarana sosial dan ekonomi yang masih sangat terbatas. Paradigma pembangunan perbatasan, yang lebih mengutamakan pada pendekatan keamanan (security approach) daripada pendekatan kesejahteraan (prosperity approach) mengakibatkan kawasan perbatasan di beberapa daerah menjadi tidak tersentuh oleh dinamika pembangunan dan masyarakatnya miskin sehingga diprediksi banyak yang berorientasi pada negara tetangga.
Sebaliknya, negara tetangga seperti Malaysia telah membangun pusat-pusat pertumbuhan dan koridor perbatasannya melalui berbagai kegiatan ekonomi dan perdagangan. Demikian juga Republik Demokratik Timor Leste, tidak menutup kemungkinan di masa mendatang sumber daya alamnya serta dukungan internasional, akan menjadi negara yang berkembang pesat, sehingga jika tidak diantisipasi wilayah NTT yang ada di perbatasan dengan negara tersebut akan tetap tertinggal.
Kawasan perbatasan darat di Kalimantan, terdapat masalah yang menonjol yaitu adanya perubahan areal hutan menjadi perkebunan seiring dengan lemahnya pengawasan dan penegakkan hukum. Berbagai kegiatan pembalakan kayu, dilakukan oleh oknum cukong negara tetangga bekerja sama dengan masyarakat setempat. Penurunan kualitas sumber daya alam serta adanya pengiriman sumber daya manusia secara illegal juga berkembang di kawasan perbatasan darat Kalimantan.
Demikian halnya dengan kawasan perbatasan di Papua sebagian besar masyarakatnya masih miskin, tingkat kesejahteraan rendah, tertinggal, serta kurang mendapat perhatian dari aparat pemerintah daerah maupun pusat.
Pada umumnya, aktivitas pelintas batas masih berupa pelintas batas tradisional, seperti yang dilakukan oleh kerabat dekat atau saudara dari Papua ke PNG dan sebaliknya. Sedangkan kegiatan ekonomi seperti perdagangan komoditas antara kedua negara melalui pintu batas masih sangat terbatas pada perdagangan barang-barang kebutuhan sehari-hari. Kegiatan perdagangan yang relatif lebih besar justru terjadi di pintu-pintu masuk tidak resmi yang menghubungkan masyarakat kedua negara secara illegal. Sedangkan kawasan perbatasan di Nusa Tenggara Timur saat ini kehidupan masyarakatnya masih lebih baik dari masyarakat Timor Leste yang tinggal di sekitar perbatasan. Dalam beberapa puluh tahun ke depan diperkirakan negara dengan penduduk di bawah satu juta orang ini akan mengalami peningkatan kesejahteraan ekonomi dan sosial karena banyaknya bantuan dari badan-badan internasional yang dikoordinasikan oleh PBB maupun bantuan secara bilateral lainnya. Untuk itu, diperlukan perhatian secara khusus, karena diperkirakan akan terjadi kesenjangan yang cukup tajam antara masyarakat di wilayah perbatasan.
Kawasan perbatasan wilayah laut Indonesia dengan negara tetangga, umumnya terjadi masalah pada pulau-pulau kecil terluar. Sebagian besar pulau-pulau kecil terluar merupakan pulau terpencil dengan aksesibilitas yang rendah serta tidak memiliki infrastruktur yang memadai. Akibat jauhnya jangkauan dari pulau utama, pulau-pulau kecil terluar ini berpotensi bagi sarang perompak dan berbagai kegiatan illegal. Disamping itu, sebagai kawasan perbatasan, sebagian besar pulau kecil terluar belum memiliki garis batas maritim yang jelas dengan negara lain serta rawan terhadap ancaman sosial budaya, pertahanan dan keamanan.
Tidak berkembangnya pulau-pulau terluar di perbatasan Indonesia dapat menyebabkan lunturnya wawasan kebangsaan dan nasionalisme masyarakat setempat, terancamnya kedaulatan negara karena hilangnya garis batas negara akibat abrasi atau pengerukan pasir laut, terjadinya penyelundupan barang-barang illegal, illegal fishing oleh nelayan asing, adanya imigran gelap dan pelarian dari negara tetangga, hingga ancaman penguasaan oleh negara asing.
Secara spesifik, setiap pulau-pulau kecil terluar memiliki permasalahan yang khas, bergantung kepada kondisi geografis dan keterkaitan dengan pulau utamanya, serta pengaruh dari negara tetangga yang berbatasan langsung dengannya. Pulau-pulau yang berbatasan dengan negara Malaysia, Singapura, dan Philipina kondisi sosio-ekonominya lebih baik. Selain itu, terdapat pula pulau-pulau di kawasan perbatasan yang rendah ancaman ipoleksosbudnya, seperti pulau-pulau di perbatasan India, Vietnam dan Palau. Kendati demikian, pengembangan pulau-pulau tersebut tetap signifikan untuk mengurangi berbagai kegiatan illegal dan untuk mempertegas titik-titik yang menjadi acuan bagi penetapan batas-batas wilayah negara.