Enzim pencernaan pada organ pencernaan seperti saluran pencernaan dapat berguna untuk menentukan kapasitas nutrisi dan efisiensi pemanfaatan pakan ikan. Saluran pencernaan yaitu lambung, duodenum, dan ileum mempunyai berbagai macam enzim pencernaan. Macam-Macam enzim pencernaan yakni protease, amilase, dan lipase. Aktivitas enzim pencernaan bervariasi di sepanjang usus dan organ pencernaan yaitu hati, pankreas, dan kantong empedu. Aktivitas enzim pencernaan sangat bergantung pada jenis dan komposisi pakan yang diberikan pada hewan.
Secara umum, pencernaan ikan yang utama adalah bergantung pada enzim. Enzim pencernaan biasanya memecah protein yang awalnya disintesis sebagai proenzim di pankreas dan lambung. Proenzim ini diaktifkan dengan memutus satu atau lebih ikatan peptida dengan panjang tertentu dari rantai utama. Enzim pencernaan yang aktif di lambung dan usus pada awalnya disintesis dengan cara yang tidak aktif. Sel mensintesis enzim yang memecah protein dengan proenzim untuk melindungi dirinya.
