Selaku Direktur Jenderal Pajak periode 2002-2004, Hadi diduga melakukan penyalahgunaan wewenang dan atau perbuatan melawan hukum terkait dengan pengajuan keberatan pajak BCA. Kasus ini berawal ketika BCA mengajukan permohonan keberatan pajak sekitar 2003. Atas keberatan pajak ini, Direktorat Pajak Penghasilan (PPh) melakukan telaah yang hasilnya mengusulkan Dirjen Pajak untuk menolak permohonan keberatan pajak BCA tersebut.
Namun, Hadi Poernomo justru memutuskan sebaliknya. Dia memerintahkan Direktur PPh untuk mengubah kesimpulan tersebut sehingga permohonan keberatan pajak BCA dikabulkan. Keputusan yang mengabulkan permohonan pajak tersebut diterbitkan Hadi sehari sebelum jatuh tempo bagi Ditjen Pajak untuk menyampaikan putusannya atas permohonan BCA tersebut.
Karena diputuskan satu hari sebelum jatuh tempo, Direktur PPh tidak memiliki cukup waktu untuk menyampaikan tanggapannya atas putusan Hadi selaku Dirjen Pajak. Padahal, menurut KPK, Hadi sedianya memberikan waktu kepada Direktur PPh, selaku pihak penelaah, untuk menyampaikan tanggapannya. Atas perbuatan ini, negara diduga mengalami kerugian sekitar Rp 375 miliar. Sumber:inilah..com
Lika-liku Pajak Bank BCA
1998
BCA rugi Rp 29 triliun akibat rush dan kredit macet. Pemerintah menyuntikkan dana ke BCA dan mengambilmalih 92,8 persen sahamnya.
1999
Untuk mengurangi angka kredit macet di pembukuan, pemerintah menghapus utang bermasalah BCA senilai Rp 5,77 triliun dengan hak tagih dan aset jaminannya diserahkan ke Badan Penyehatan Perbankan Nasional (BPPN). Tahun itu, BCA untung Rp 174 miliar.
2002
Hadi Poernomo naik menjadi Direktur Jenderal Pajak.
Dirjen Pajak mengoreksi laba BCA pada 1999, bukan cuma Rp 174 miliar, tapi Rp 6,78 triliun. Salah satu yang mendongkrak angka laba, penghapusan utang bermasalah Rp 5,77 triliun itu dianggap sebagai pemasukan bagi BCA. Karena itu, BCA mesti membayar pajak Rp 375 miliar.
2003
BCA menyatakan keberatan pengalihan utang bermasalah itu dimasukkan sebagai pendapatan sehingga ada beban pajak tambahan ratusan miliar rupiah. Apalagi hasil penjualan aset BPPN berhasil menjual senilai Rp 3,29 triliun tidak ada yang masuk BCA.
2004
13 Maret
Direktur Pajak Penghasilan (PPh) Direktorat Jenderal Pajak Sumihar Petrus Tambunan mengirim surat pengantar risalah keberatan kepada Dirjen Pajak, yang dijabat oleh Hadi Poernomo.