Selain contoh penjelasan di atas, dalam kasus yang terjadi di Sampang, ada reaksi dari pemerintah dan dunia Internasional, yang menganggap bahwa telah terjadi pelanggaran HAM. Â Namun, mereka tidak melihat permasalahan dari akarnya. Amnesti Internasional, misalnya mengemukakan bahwa sikap kelompok Sunni Indonesia merupakan bukti berkembangnya diskriminasi menentang kelompok minoritas di Indonesia.
d. Pengembangan Kerja Sama yang Tidak Berimbang dan Cenderung Merugikan Kepentingan Nasional Indonesia
Berbagai kerja sama dikembangkan oleh Iran terhadap pemerintah Indonesia pada berbagai bidang, misalnya minyak, teknologi, militer, kedokteran, dan sosial budaya. Â Jika dikaji lebih mendalam lagi, terlihat bahwa ada kepentingan penyebaran Syiah yang cukup nyata dalam berbagai kerja sama tersebut. Â Di pihak lain, jika membicarakan mengenai hubungan diplomatik antarnegara, prinsip yang seharusnya berlaku adalah perlunya kerja sama reciprocal yang saling menguntungkan dan tidak mengganggu keutuhan dari negara lain.Â
Permasalahan yang terjadi dalam kerja sama dengan Iran adalah adanya ancaman Syiah terhadap kehidupan berbangsa di Indonesia yang belum dipahami secara umum oleh berbagai kalangan masyarakat. Â Jika diamati dari efek kerja sama itu, terdapat perubahan budaya dan nilai yang berkembang di tengah masyarakat, serta memberikan pengaruh yang lebih besar dibandingkan sekadar perubahan secara materi. Â Permasalahannya adalah tidak jarang karena persoalan materi, orang bersedia untuk mengubah budaya dan nilai yang dimilikinya.
Menurut Yumitro, dkk, dalam karya yang berjudul Kebijakan Luar Negeri Indonesia di Kawasan Timur Tengah: Sebuah Analisa Opini Publik: Laporan Akhir (2014), terdapat beberapa kepentingan materi, terutama dalam hal kebutuhan minyak, di mana dari nilai perdagangan Indonesia dengan Iran, 88% nya merupakan impor Indonesia terhadap minyak Iran. Â Dari sinilah, pemerintah seakan mengabaikan bagaimana efek sosial budaya yang terjadi.
