Lagi-lagi  Club lokal Indonesia bagian timur yaitu PERSIPURA  JAYAPURA, kembali di rugikan oleh organisasi sepak bola indonesia atau PSSI.Kejengkelan tim Mutiara Hitam bermula usai PSSI memutuskan Bali United dan Persija Jakarta untuk menjadi wakil Indonesia di kompetisi prestius kedua antar Club Asia tersebut. Sejatinya, Persipura tak mempersalahkan penunjukkan Bali United yang merupakan juara Liga 1.
Akan tetapi, mereka tidak merima PERSIJA JAKARTA  untuk menjadi utusan indonesia di AFC 2021.Pasalnya, Persija ditetapkan sebagai wakil Indonesia di Piala AFC dengan predikat sebagai  runner up Piala Indonesia.
Persipura pun menilai hal tersebut tak masuk akal, karena tidak  sesuai dengan pasal 9 ayat 1 Entry Manual for AFC Club Competition 2021.Bunyi pasal sembilan yang menentukan tingkatan Club partisipan sebagai dasar pemilihan perwakilan klub: 9.1.1 klub juara liga domestik, 9.1.2 juara piala domestik, 9.1.3 runner-up liga domestik, 9.1.4 peringkat tiga liga domestik, dan peringkat keempat liga domestik.Dalam aturan ini sendiri seharusnya wakil Indonesia lain yang tampil adalah PSM Makassar sebagai juara Piala Indonesia 2019.
Namun, karena PSM tak lolos lisensi AFC klub, jatah tersebut jatuh ke Persebaya Surabaya sebagai runner-up di Liga 1 2019. Namun, tim PERSEBAYA SURABAYA tak lolos lisensi klub AFC 2020. Sehingga tim asuhan Jacksen F Tiago yang finis di posisi ketiga Liga 1 2019 menurut peraturan 9.1.4 memiliki hak untuk menjadi wakil di Piala AFC.Setelah menjalani beberapa pertimbangan, pada Sabtu (19/12/ 2020) PSSI mengirimkan email bahwa BALI UNITED dan PERSIPURA diusulkan sebagai wakil Indonesia di Piala AFC 2021.
."Sabtu, 19 Desember 2020, kami sudah menerima email dari PSSI. Disampaikan bahwa mereka mengusulkan Bali United dan Persipura Jayapura sebagai wakil Indonesia di Piala AFC 2021," kata Ketua Persipura, Benhur Tomi Mano, Minggu (20/12/2020).
Dan akhirnya PERSIPURA dan BALI UNITED resmi menjadi perwakilan indonesia di AFC 2021.
