Pada tahun 60-an, paham ini ditentang oleh sebuah kelompok Tionghoa yang dinamakan LPKB -- Lembaga Pengkajian Kesatuan Bangsa. Mereka mencanangkan paham asimilasi, yaitu Tionghoa menghilangkan ciri-ciri ke Tionghoaan.Â
Dimulai dengan mengganti nama dan menghentikan hubungan dengan kebudayaan Tionghoa. Ada Anjuran untuk mempercepat proses kawin campuran sehingga hilanglah ciri-ciri biologis Tionghoa. Ada pula ajakan masuknya Tionghoa ke agama penduduk mayoritas, Islam.
Polemik yang sebenarnya bisa berkembang dengan akal sehat ini, kemudian menjurus ke pertentangan politik. Integrasi yang diusung Baperki yang berada dalam kubu kiri dinyatakan sebagai "jalan keluar kiri" sedangkan, asimilasi yang dicanangkan oleh LPKB, yang didukung oleh Angkatan Darat, dinyatakan sebagai "jalan keluar kanan".
Pada zaman demokrasi terpimpin (1959-1965), posisi Baperki berada di atas angin. Soekarno mendukung berbagai kebijakan Baperki. Pada 1963, Soekarno resmi menyatakan bahwa Tionghoa adalah salah satu suku Indonesia. Â
Baperki tercatat dalam sejarah sebagai organisasi massa Tionghoa yang paling berhasil dalam menggalang dukungan komunitas Tionghoa dan dalam mengajak komunitas Tionghoa untuk menerima Indonesia sebagai tanah airnya. Phoa Thoan Hian berada dalam barisan ini dan banyak berjasa di dalam perkembangannya.
Partindo (Partai Indonesia)
Beberapa tokoh PNI yang tidak puas dengan kebijakan pimpinannya menjelang akhir 1950-an memutuskan untuk menghidupkan kembali Partai Indonesia -- Partindo pada Agustus 1958. Partindo yang lama didirikan oleh Sartono pada 1931 dan bertahan hingga 1936, ketika Soekarno diasingkan Belanda.
Partindo yang bersandar atas Marhaenisme dan didukung oleh Soekarno berkembang pesat. Para tokoh Partindo cenderung bersikap kiri, sehingga pada tahun 60-an, seperti Baperki, ia berada dalam kubu kiri.
Pada 1960 Indonesia masih berada dalam status Martial Law di mana Angkatan Darat memiliki kekuasaan mutlak di berbagai bidang. Ia memiliki kekuasaan untuk menutup sekolah, menghentikan publikasi dan membredel surat kabar.
Salah satu surat kabar yang ditutup militer adalah Harian Republik, terompet Baperki. Kejadian ini mendorong Siauw Giok Tjhan untuk mengubah kebijakan dalam penyebar- luasan program politik Baperki. Ia mendorong para kader Baperki dari berbagai lapisan, baik di pusat maupun daerah, untuk aktif berpartisipasi dalam organisasi-organisasi nasional.
Tan Hwie Kiat dan Go Beng Koan masuk sebagai pimpinan surat kabar yang paling berpengaruh pada waktu itu, Warta Bhakti (nama baru dari Sin Po).
