Sepanjang masa, secara sporadis timbul gejolak, meskipun sesaat kelihatan padam, tetapi tetap menyimpan bara yang kemudian menjadi api konflik. Lalu menjadi timbul pertanyaan, dimanakah akar maslahanya?
Dari berbagai kegagalan yang dilakukan Pemerintah, karena cara pandang berbeda, cenderung menganggap bahwa persoalannya pada masyarakat Papua. Akan tetapi bila kita kaji lebih mendalam,  sesungguhnya persoalanya bukan di masyarakat Papua, tetapi masalahnya di  tata kelola pemerintahan Republik ini, yakni memaknai hakekat tujuan berbangsa.
Sebagaimana digariskan dalam konstitusi, tujuan kita berbangsa adalah untuk memajukan kesejahteraan umum, mencerdaskan kehidupan bangsa, dan ikut melaksanakan ketertiban dunia yang berdasarkan kemerdekaan, perdamaian abadi dan keadilan sosial. Tujuan ini, hingga hari ini, masih jauh dari harapan, bukan hanya bagi masyarakat Papua  tapi bagi seluruh rakyat Indonesia.
Sejak  Papua berintegrasi dengan Indonesia tahun 1969, Pemerintahan selalu dikuasai rezim oportunis dimana politisi busuk berkolaborasi dengan pengusaha licik menghisap kekayaan alam dan  rakyat Indonesia, termasuk Papua yang kaya.Â
Wabah korupsi  dari era Soeharto hingga hari ini tidak bisa dihentikan adalah salah satu bukti wujudnya. Efek dari penyakit korupsi ini menjalar ke pembusukan-pembusukan sendi-sendi kehidupan berbangsa.
Akibatnya timbul ketidak percayaan rakyat kepada rezim Pemerintah, siapapun rezimnya, untuk mengantarkan ke tujuan berbangsa. Meskipun penderitaan akibat korupsi ini bukan hanya Rakyat Papua, tetapi karena sejarahnya, sebagian masyarakat Papua mempertanyakan apa maknanya menyatu dalam NKRI. Â Kesadaran inilah mempersubur separatisme, bukan hanya di Papua, termasuk Aceh dan radikalisme agama.
Seiring dengan kemajuan kesadaran berpikir masyarakat Papua, maka semakin banyak tokoh-tokoh pergerakan Papua Merdeka dengan mudah memanfaatkan isu sentiman kedaerahan untuk menggalang kekuatan melawan integrasi. Faktanya, tokoh-tokoh ini berhasil mendapatkan perhatian di diplomasi internasional.Â
Bila gerakan diplomasi internasional semakin kuat dan bersenergi dengan gerakan bersenjata di pegunungan Papua, maka konflik di Papua akan mengancam NKRI. Tampaknya arah menuju kesitu semakin jelas.
Pemerintahan Presiden Jokowi lima tahun kedepan hendaknya serius menyadari akar masalahnya bukan di Papua, melainkan di tata kelola Pemerintahan itu sendiri. Bara api kecil konflik Papua yang tampaknya sporadis muncul, bila tidak di padamkan diakarnya, pada saatnya akan berkobar menyala, mungkin tidak di era pemerintahan Jokowi. Â