Zona akuatik adalah zona yang didominasi oleh wilayah yang tergenang air. Pada zona ini juga terdapat keunikan bentuk dan struktur geografis yang hanya dapat ditemukan di Ekosistem Akuatik. Ekosistem akuatik memiliki jenis organisme yang khas yang hanya ditemukan di wilayah ini, organisme tersebut meliputi perifiton, neuston, plankton, nekton, dan bentos.
Ekosistem akuatik dapat dibedakan menjadi dua jenis ekosistem, yakni ekosistem air tawar dan ekosistem air laut. Kedua ekosistem memiliki perbedaan karakter yang kuat dimana masing-masing ekosistem memiliki perbedaan pada bentuk, faktor pembatas, jenis organisme dan kondisi lingkungan.
Ekosistem Air Tawar merupakan ekosistem air dengan parameter fisika dan kimiawi yang dipengaruhi oleh iklim dan cuaca. Ciri-ciri ekosistem air tawar yaitu memiliki nilai salinitas yang rendah (<0,5 ppt), kisaran suhu relatif sama antara permukaan dan dasar. Salinitas yang rendah di air tawar mengindikasikan kadar garam yang rendah, sehingga organisme dapat beradaptasi dengan sedikit minum dan banyak mengeluarkan urin. Insangnya menyerap garam mineral sedangkan kulit membantu dalam penyerapan air.Â
Berdasarkan aliran airnya, ekosistem air tawar dibedakan menjadi ekosistem lotik (mengalir) dan lentik (tidak mengalir). Sedangkan berdasarkan intensitas cahaya yang masuk dapat dibedakan menjadi zona litoral, limnetik, dan profundal.
Ekosistem Air Laut memiliki ciri dan karakter yang berbeda dengan ekosistem air tawar, yaitu salinitas tinggi berkisar pada 25-30 ppt didominasi oleh NaCl (75%). Secara teori salinitas disuatu daerah akan meningkat seiring dekatnya daeirah tersebut ke garis khatulistiwa. Hal ini disebabkan laju penguapan yang tinggi disebabkan kenaikan suhu yang tinggi pada wilayah tropis. Ekosistem air laut tidak dipengaruhi oleh iklim dan cuaca serta erdapat variasi suhu di setiap kedalaman. Berdasarkan jarak dan kedalamannya ekosistem air laut dapat dibedakan menjadi zona litoral, neritik, dan oseanik.
