Lain dari pada itu, Gus Yahya pun pernah belajar dan nyantri yang mana sampai-sampai Gus Yahya ini dianggap santri paling nomor satu oleh Almarhum KH. Ali Maksum Krapyak Yogyakarta, semoga Allah merahmati dan meridhoinya.
Belajar Ilmu Agama sambil belajar Ilmu Pendidikan adalah salah satu tradisi yang diajarkan pada Ponpes. Oleh karena itu pada masanya Gus Yahya menjadi santri sekaligus kuliah di Ilmu Jurusan Sosiologi Universitas Gadjah Mada (UGM).
Kemudian, Gus Yahya berangkat keluar negeri yaitu Saudi Arabia guna menimba Ilmu lebih luas lagi.
Kini setelah Gus Yahya yang terkenal dari kalangan santri, semenjak menjabat sebagai Juru Bicara, nama Gus Yahya pun ikut meroket tinggi. Beliau menjadi Jubir Presiden Indonesia ke-4 yakni KH Abdul Rahman Wahid atau yang lebih dikenal dengan sebutan Gus Dur.
Melihat kondisi politik era Gus Dur, dimana saat Gus Yahya menjadi Jubirnya, senantiasa dibacakan dekrit Presiden kala terjadi konflik ketegangan ditubuh MPR/DPR dengan Presiden Gus Dur.
Nah dari dekrit inilah lalu dipolitisasi oleh lawan politiknya hingga berakhir dengan lengsernya tapuk kepemimpinan Gus Dur yang terjadi kala sidang istimewa MPR.
Gus Yahya semenjak itu aktif di Partai Kebangkitan Bangsa (PKB) akan tetapi tidak berlangsung lama sebab terjadi pergeseran untuk PKB dari keputusan Muktamar yang dilaksanaka di Kota Semarang Jateng pada tahun 2005.
Kemudian Gus Yahya belajar kembali pada Pondok Pesantren Leteh Rembang Raudlatut Thalibin. Beliau saat itu lebih cenderung mempelajari pada Ilmu Agama.
Semenjak Presiden Jokowi memimpin Indonesia pada periode awal, Gus Yahya diangkat oleh Jokowi sebagai Dewan Pertimbangan Presiden atau Wantimpres yang mana sebelumnya dipegang oleh Almarhum KH Hasyim Muzadi.
Pada tahun 2015 melalui Muktamar NU di Jombang, Gus Yahya ini sudah mendapat kepercayaan untuk menjadi Katib Aam Syuriah PBNU. Sungguh hal ini suatu penghormatan luar biasa bagi Kyai Muda yang sekarang ketua PBNU ini.
Selanjutnya pada tahun 2018 Gus Yahya dengan segala resikonya telah berani ambil keputusan untuk mendatangi Israel.
