Pengaruh Islam dalam kebudayaan nusantara telah berlangsung sejak beberapa abad yang lampau. Proses akulturasi antara nilai-nilai keislaman yang masuk melalui jalur perdagangan dari Gujarat dengan unsur-unsur budaya lokal menghasilkan karakter yang khas pada kebudayaan masyarakat muslim di Indonesia.
Kombinasi antara dua entitas budaya yang berbeda ini, di samping juga unsur-unsur kebudayaan Hindu-Buddha yang masuk sebelumnya dan kebudayaan barat yang masuk pada era kolonial, menghasilkan keragaman budaya yang sangat kaya.
Seiring waktu, kekayaan budaya ini mengalami pasang dan surut, sehingga berbagai upaya pelestarian dibutuhkan agar tidak ditelan zaman. Hal inilah yang mendasari munculnya gagasan pendirian Museum Istiqlal di kawasan wisata Taman Mini Indonesia Indah. Museum yang berdiri berdampingan dengan Museum Bayt Al-Qur'an ini sejak awal dicita-citakan untuk merepresentasikan kekayaan karya seni budaya Indonesia bernapaskan Islam.
Keragaman suku membuat peninggalan budaya Islam di setiap daerah di Indonesia masing-masing memiliki warna tersendiri. Hal ini terlihat dari banyaknya koleksi benda peninggalan dari berbagai daerah yang ditampilkan di museum ini. Benda-benda peninggalan yang terdiri dari karya arsitektur, senjata, manuskrip, hiasan, busana, beraneka jenis kerajinan tangan, dan karya seni kaligrafi diharapkan dapat membuka mata masyarakat awam akan kekayaan budaya Islam yang dimiliki nusantara.
Di antara koleksi museum ini antara lain arsip foto arsitektur masjid-masjid di berbagai pelosok tanah air. Di samping itu, ditampilkan pula beraneka jenis pakaian tradisional yang mencerminkan pengaruh keislaman yang kuat seperti busana tradisional Aceh, aneka tenun songket dari beberapa daerah di Sumatera, dan aneka motif tekstil baik tradisional maupun kontemporer. Terdapat pula beberapa naskah kuno berbahasa arab, berbagai guci tanah liat, dan replika batu nisan yang menjadi bukti awal eksistensi keberadaan masyarakat Islam di Indonesia.
