Akan tetapi setelah Kerajaan Islam lantas menjadi penguasa Pulau Jawa, mau tidak mau kesucian Sunda agak terpengaruh budaya dari Jawa.
Dalam sejarah tercatat, pada tahun 1579 Masehi, Pajajaran kalah dari Kerajaan Islam Mataram setelah melalui pertempuran sengit.
Tome Pires, seorang penjelajah bangsa Portugis mengumpulkan sejumlah catatan yang diberi judul "Suma Oriental" yang mengatakan jika orang Sunda ini lebih berani dalam melaut.
Dalam catatan itu juga disebutkan jika pusat pemerintahan Pajajaran adalah Dayo (Dayeuh). Di sinilah raja Pajajaran duduk bertahta mengatur pemerintahannya.Â
Seperti diketahui hingga kini ada peninggalan sejarah di wilayah Batutulis, Bogor, berupa batu tulis dan telapak kaki yang terukir di atas sebuah batu. Hal itu menandakan wilayah Bogor saat itu sangat ramai sekali.Â
Para ahli sejarah meyakini, Dayo ini terletak di Kotamadya dan Kabupaten Bogor saat ini.
Di Dayo ini raja Pajajaran mempunyai istana yang megah yang terbuat dari pilar-pilar kayu pilihan dengan aneka ukiran yang indah. Hal itu dapat dianalisa dari naskah-naskah kuno dan catatan perjalanan penjelajah Eropa.
Bukti lain bahwa Dayo adalah ibukota Pajajaran didapatkan dari hasil penelitian yang yang ditulis dalam A Descriptive Dictionary of the Indian Islands and Adjent Countries yang dibuat oleh Crawfud.
Pada tahun 1856, Crawfud mengatakan bahwa Buitenzorg (Bogor) adalah ibukota Kerajaan Pajajaran. "Di sana banyak ditemukan puing-puing bebatuan, prasasti, dan bekas-bekas fondasi istana," katanya.
Pada "Suma Oriental" yang ditulis pada abad ke 16 itu juga disebutkan jarak Dayo adalah sekira dua hari perjalanan dari Sunda Kelapa (Jakarta sekarang).
Dalam prasasti Batu Tulis disebutkan jika pusat Kerajaan Pajajaran itu disebut dengan Pakuan. Seperti yang kerap kita dengar sekarang, Pakuan adalah berasal dari kata yang menunjukkan pusat Kerajaan Pajajaran dulu.
