Pewarnaannya menggunakan bahan-bahan tradisional, seperti bubuk tulang sapi atau kerbau untuk warna putih, akar-akar pohon atau kulit pohon, daun, serta biji-bijian untuk warna-warna lainnya. Wayang kulit gagrak Yogyakarta ini dinamakan Kyai Intan, sebab ditaburi intan atau yakut agar mempunyai nilai tinggi. Sayangnya, Kyai Intan disimpan di tempat khusus dan tidak bisa dilihat pengunjung.
Itulah setidaknya koleksi wayang yang terdapat di Museum Wayang Jakarta. Beruntung Gubernur DKI Jakarta Ali Sadikin menggagas berdirinya museum ini dan meresmikannya pada 13 Agustus 1975, sebab ternyata amat berguna bagi generasi-generasi muda selanjutnya. Selain mengenal gagrak wayang, generasi muda pun sejatinya dapat memahami wewayangipun urip, bayang-bayang atau cerminan kehidupan dari setiap koleksinya.
Gedung Museum Wayang Jakarta mulanya bernama De Oude Hollandsche Kerk ("Gereja Lama Belanda") dan dibangun pertama kali tahun 1640. Tahun 1732 diperbaiki dan berganti nama De Nieuwe Hollandsche Kerk (Gereja Baru Belanda). Bangunan ini sempat hancur akibat gempa tahun 1808.Â
Lalu di atas bekas reruntuhan inilah dibangun gedung baru. Meskipun telah dipugar beberapa bagian gereja lama dan baru masih tampak terlihat dalam bangunan ini. Di bagian gereja tua terdapat makam Gubernur Jenderal VOC Jan Pieterszoon Coen.
