Bersama King of Pop, Freddie merekam beberapa Demo Single, seperti State of Shock, Victory, dan There Must Be More to Life Than This. Namun tidak satu pun dari rekaman tersebut yang sampai dirilis. Lagu State of Shock sendiri akhirnya dirilis pada 1984 untuk versi duet dengan Mick Jagger. Dan termasuk dalam lagu di album The Jacksons, yang berjudul Victory.
Selain karier dan prestasinya di dunia musik, kehidupan Freddie di luar band dan sebagai seorang pria juga tak jarang menjadi sorotan publik, salah satunya mengenai keadaan seksualnya. Banyak yang menduga bahwa Freddie menyukai pria dan juga wanita (Bisexual). Namun hal tersebut dibantah Freddie maupun orang-orang terdekatnya. Pada awal 1970-an, Freddie menjalin hubungan asmara dengan seorang wanita bernama Mary Austin yang dikenalnya dari sang gitaris Queen, Brian May. Keduanya bahkan sempat tinggal bersama.
Pertengahan 1970-an, Freddie mulai menunjukkan hubungannya dengan seorang pria dan hubungannya dengan Austin pun berakhir. Meski Freddie menunjukkan gelagat sebagai seorang gay, namun Freddie tidak pernah secara terbuka mengungkapkannya. Pada Oktober 1986, sebuah media Inggris memberitakan bahwa hasil tes darah yang dijalani Freddie, menunjukkan bahwa dia telah positif mengidap HIV/AIDS. Kabar tersebut sempat menggemparkan dunia.
Freddie menolak pemberitaan tersebut dan menyebut bahwa hasil tes darah yang dijalaninya adalah negatif untuk HIV. Namun hal tersebut tidak mereda karena melihat kondisi kesehatan Freddie yang terus menurun. Saat tampil dalam sebuah acara penerimaan penghargaan di Inggris pada 1990, Freddie tampak kurus berbeda dengan biasanya.Â
Pada 1991, Freddie sedang mengerjakan proyek single-nya dengan Queen yang berjudul These Are the Days of Our Lives. Saat melakukan rekaman untuk video musik lagu tersebut pada bulan Mei, tampak Freddie yang bertubuh sangat kurus.
Proses rekaman dilakukan hingga bulan Juni dan setelah itu Freddie mengumumkan pensiun dari dunia musik. Dia menghabiskan hari-harinya di kediamannya di Kensington, London barat. Pada masa-masa itu, Mary Austin kembali muncul dalam kehidupan Freddie dan setia mendampinginya. Pada 22 November 1991, Freddie memanggil manajer Queen, Jim Beach untuk datang ke rumahnya dengan tujuan mendiskusikan tentang pernyataan publik yang dirilis kemudian hari.
Dan keesokan harinya yaitu pada 23 November, Freddie membuat pernyataan resmi yang mengatakan bahwa dirinya mengidap HIV/AIDS. Pernyataan tersebut dibuat tak lama sebelum kematian Freddie, pada 24 November 1991 sore. Penyebab resmi kematiannya adalah radang paru-paru yang disebabkan oleh penurunan daya tahan tubuhnya akibat AIDS. Freddie akhirnya meninggal dunia di usia 45 tahun.
Dia dikremasi atau diabukan pada 27 November di Krematorium London Barat. Acara kremasi hanya dihadiri keluarga dan teman dekat, termasuk anggota Queen dan juga dihadiri Elton John. Sisa kremasi diberikan kepada Mary Austin untuk dikuburkan di lokasi yang dirahasiakan. Dia juga berjanji tidak akan mengungkapkan lokasi dimana abu Freddie dikuburkan.
