Bonsai yang memiliki batang yang tebal dan lancip akan lebih menarik dari segi estetika dan tentunya memerlukan waktu yang sangat lama untuk membentuknya.
Faktor lain yang juga menetukan harga sebuah bonsai adalah  jenis pot yang digunakan.  Pot antik yang sangat jarang dan berusia ratusan tahun akan membuat bonsai mahal.
Diantara  semua faktor yang paling menentukan harga sebuah bonsai adalah spesies pohon yang digunakan.  Semakin jarang spesiesnya dan semakin sulit untuk tumbuh akan semakin mahal harganya.
Rekor bonsai termahal yang terjual adalah sebuah pohon pinus yang berusia ratusan tahun yang terjual dengan harga US$1,3 juta atau serata dengan Rp. 18.754.450.000,- di the International Bonsai Convention di  Takamatsu, Japang.
Namun ada juga harga Bonsai yang tidak ternilai karena keunikan dan kelangkaannya. Â Bonsai yang masuk dalam kategori ini misalnya sebuah bonsai yang diperkirakan berusia 800 tahun yang sangat unik dan indah.
Ada juga bonsai yang memiliki sejarah yang unik sehingga tidak untuk dijual. Â Sebagai contoh sebuah bonsai yang berusia 400 tahun telah dirawat oleh sebuah keluarga Yamaki selama 6 generasi.
Hal yang unik dari bonsai ini adalah kemampuan bonsai ini untuk tetap hidup setelah mengalami peristiwa pengeboman bon atom Hiroshima. Bonsai yang sangat unik ini sekarang berada di Washington di the National Bonsai & Penjing Museum
Seperti yang telah diuraikan di atas bentuk sebuah bonsai juga menetukan mahal tidaknya sebuah bonsai.