Di masa penjajahan Jepang, Â salah satu hal yang pertama dilakukan pada saat itu adalah membentuk sistem pemerintahan. Â semua dokumen yang tertulis penyelenggaraan pemerintahan militer Jepang di Indonesia dari tahun 1942-1945. Dokumen pertama adalah Nampo Senryochi Gyosei Jisshi Yoryo (Asas-asas Mengenai Pemerintahan di Wilayah-wilayah Selatan) yang diduduki. Â
Isi dokumen itu memuat beberapa rencana pokok pemerintah Jepang setelah militer menguasai negara-negara di Asia Tenggara/Asia Selatan:Â
1. Â Memulihkan ketertiban umum dari pemerintah militer, upaya mempercepat penguasaan sumber-sumber yang vital bagi pertahanan nasional, dan menjamin merdeka di bidang ekonomi.
Â
2. Â Wilayah-wilayah yang diduduki dan pengaturannya pada masa depan akan di statuskan terpisah.Â
3. Dengan menghormati organisasi pemerintahan militer yang dalam struktur organisasi tradisional dan kebiasaan-kebiasaan setempat akan dimanfaatkan seoptimal mungkin
4.Gerakan-gerakan kemerdekaan pendudukan setempat dapat dicegah dengan cara Penduduk setempat akan dibina sedemikian rupa sehingga mempunyai kepercayaan kepada pasukan-pasukan Jepang.
Nampo Senryochi Gyosei Jisshi ni Kansuru riku-kaigun Chuuoo Kyotei (DOKUMEN KE 2) atau Persetujuan Pokok antara Angkatan Darat dan Angkatan Laut berisi Pemerintahan Militer di Wilayah-wilayah yang diduduki. Yamg mana Dokumen itu menyebutkan wilayah Indonesia akan menjadi wewenang Angkatan Darat dan Angkatan Laut Jepang.
Masih mengacu pada dokumen tersebut berdirilah tiga pemerintahan militer Jepang di Indonesia.Â
1, Pulau Sumatera diperintah oleh Tentara ke-25 Angkatan Darat Jepang (Tomi Shudan). Markas besarnya di Bukittinggi.
2. Pulau Jawa dan Bali dipegang Tentara ke-16 Angkatan Darat Jepang (Asamu Shudan). Markas besarnya di Batavia.Â
3. Pulau Kalimantan, Sulawesi, Nusa Tenggara, Maluku, dan Papua dikuasai Angkatan Laut. Pimpinannya adalah Armada ke-3 Angkatan Laut Jepang. Markas besarnya di Makassar.
Adapun susunan pemerintah militer Jepang yaitu:  Gunshirekan (panglima tentara) Gunseikan (kepala pemerintahan militer) Gunseibu  koordinator pemerintahan)