Karena Barat, dengan sejarah yang panjang dalam belenggu teosentrisme mengalami kelelahan dan keterpurukan, frustasi yang akut, berhadap-hadapan ilmu pengetahuan dan agama. Dengan demikian, kemandirian berpikir manusia direnggut oleh otoritas paham teosentrisme.
Maka dimulailah  cita-cita renaisans dengan sekularismenya. Manusia sebagai pusat kebenaran dengan otoritas ilmu pengetahuannya, sehingga, kebenaran bukan lagi kepada Tuhan. Oleh karena itu, Cak Nur mengatakan "ateisme adalah puncak sekularisme. Sekularisme itulah sebagai sumber segala imoralitas", Modernisasi Ialah Rasionalisasi Bukan Westernisasi.
Karena Tauhid sebagai dasar modernisasi, sehingga Cak Nur dalam memahaminya sebagai pelaksanaan perintah  ajaran Tuhan Yang Maha Esa. Perintah itulah dalam fitrah manusia sebagai imperatif primordial.
Karena zaman sifatnya mengalami perubahan, disamping itu perkembanagan ilmu pengetahuan akan terus maju dengan penelitian-penelitian yang ada, maka perlu bagi umat Islam dalam memahami hukum-hukum alam serta bertindak memajukan zamannya.
Mari kita lihat apa yang diuraikan Cak Nur "sedangkan ilmu pengetahuan, tidak lain ialah hasil pemahaman manusia terhdap hukum-hukum objektif yang menguasai alam, ideal dan material, sehingga alam ini berjalan menurut kepastian tertentu dan harmonis", Modernisasi Ialah Rasionalisasi Bukan Westernisasi.
Baginya orang yang bertindak menurut ilmu pengetahuan (ilmiah) berarti bertindak menurut hukum yang berlaku. Sementara itu, pemikiran materialisme mempopulerkan bahwa sifat alamiah alam ini karena disebabkan oleh hukum kontradiksi, Yang bersifat pertentangan internal pada materi.
Sebuah pemikiran yang cukup sulit diterima oleh akal pikiran manusia tapi, bukan tempatnya untuk dibahas dengan lugas disini.
Bagai Cak Nur, perintah menggunakan akal pikiran manusia merupakan kesepaduan pandangan dunia Tauhid, karena menolak modernisasi (dalam pengertian Cak Nur) manusia akan mengalami kemunduran peradaban dan menghambat gerak maju pemikiran.
" karena adanya perintah untuk mempergunakan akal-pikiran  (rasio) itu, Allah melarang segala sesuatu yang menghambat perkembangan pemikiran, yaitu terutama berupa pewarisan membuta terhdap tradisi-tradisi lama, yang merupakan cara berpikir dan tata kerja generasi sebelumnya", Modernisasi Ialah Rasionalisasi Bukan Westernisasi.
Jadi, umat Islam diperintahkan untuk menjadi modern (dalam pengertian Cak Nur). Karena modern adalah perintah Tuhan, maka untuk menjadi modern merupakan " fardu kifayah". Karena bagi Cak Nur hukum-hukum ilahi sebagai sistem yang menjalankan alam ini sehingga tertata sedemikian rupa, manusia memiliki tugas untuk menemukan hukum tersebut.
Manusia modern dalam pemikiran Cak Nur adalah  tanggung jawab insani, yang memiliki nilai trasendental. Disisi lain, nilai-nilai tersebut sebagai pengejawantahan perilaku manusia pada hukum alam. Alam adalah tempat manusia beribadah, beramal dan mempersiapkan diri untuk kembali (maad) kepada Allah.