Cak Nur menjadi selebriti intelaktual pada periode tahun 1960-an, Â ketika ia menulis makalah yang cukup panjang tentang "Modernisasi Ialah Rasionalisasi Bukan Westernisasi". Bagi Cak Nur, Â modernisasi suatu keharusan zaman dalam pengertiannya rasionalisasi.
Modernisasi dalam pengertian Cak Nur, Â yang identik, atau hampir identik, dengan pengertian rasionalisasi. Dan hal itu berarti proses perombakan pola berpikir dan tata kerja lama yang tidak akliah (rasional), dan menggantikannya dengan pola berpikir dan tata kerja baru yang akliah.
Oleh karena itu, daya rasional manusia sebagai kinerja modernitas, yang bersandar pada ilmu pengetahuan untuk memahami hukum-hukum alam.
Lebih jauh Cak Nur mengatakan "pemahaman manusia terhadap hukum-hukum alam melahirkan ilmu pengetahuan, sehingga modern berarti ilmiah. Dan ilmu pengetahuan diperoleh manusia melalui akalnya (rasionalnya), sehingga modern berarti ilmiah, berarti pula rasional", Modernisasi Ialah Rasionalisasi Bukan Westernisasi.
Ia dengan gigih menolak westernisasi dan sekularisme, sehingga tulisan tersebut diperuntukan untuk menjelaskan modernitas, ketika itu umat Islam dan mahasiswa Islam beramai-ramai menghalangi modernisasi.
"malahan terkesan pula, benar-tidaknya terserah kepada sumber-sumber tulisan dan percakapan tersebut, seakan-akan golongan yang akan menghalangi modernisasi itu ialah umat Islam, termasuk para mahasiswa Islam", tulis Cak Nur dalam Modernisasi Ialah Rasionalisasi Bukan Westernisasi.
Penolakan umat  pada modernisasi disebabkan disusupi paradigma tentang modernisasi  mengakibatkan westernisasi yang diproduksi oleh Barat. Sehingga, ada ketakutan bahwa umat islam akan berperilaku selayaknya budaya Barat yang tidak bersesuaian dengan ajaran Islam.
Cak Nur cukup piawai menjelaskan modernisasi dengan daya guna akal manusia yang berpikir, yang akan  menempuh kebahagiaan manusia dalam membangun peradabannya.
Bahkan lebih fundamental lagi, ketika ia mengatakan "adalah perintah Tuhan yang imperatif dan mendasar. Modernisasi berarti berpikir dan bekerja menurut fitrah atau sunnahtullah (hukum ilahi) yang haq (sebab, alam adalah haq)".
Sebagaimana dikatakannya, Cak Nur memformulasikan pandangan dunia Tauhid sebagai dasar ilmu pengetahuan, agar manusia dapat menemukan hukum-hukum alam yang sesuai dengan kerja kemanusiaan (fitrah). Ia tidak mengambil jarak antara ilmu pengetahuan dan keimanan seperti cita-cita "Renaisans" yang membelenggu Tuhan dalam produksi ilmu pengetahuan.
Sehingga modern bagi Cak Nur adalah bertauhid yang menjalankan  perintah Tuhan (imperatif), menggunakan daya akal berpikir untuk menemukan sunnatullah. Oleh Karena itu, Cak Nur dengan tegas menolak rasionalisme yang diamikan oleh produk Barat.
