Sejarah pengelolaan hutan jati di pulau Jawa, tidak dapat dilepas dari peran Perum Perhutani. Sulit dibantah sepanjang sejarah pengelolaan hutan jati dalam konteks kelembagaan mengalami perubahan dan bongkar pasang yang silih berganti.
Sejak pemerintah mendirikan Jawatan Kehutanan pada awal masa kemerdekaan kemudian berubah menjadi perusahaan negara (PN) Perhutani tahun 1963 .
Tahun 1964, PN Perhutani mengalami krisis perusahaan akibatnya banyaknya pencuria kayu yang merajalela diperusahaan, sehingga perusahaan dilukuidasi. Unit-unit kerja di pulau Jawa berubah menjadi Perusahaan Umum Perhutani dan yang diluar pulau Jawa menjadi PT Inhutani.
Sejak terbitnya peraturan pemerintah (PP) no. 2 tahun 1978, tentang Jawa Barat sebagai kesatuan unit produksi dalam unit manajemen Perhutani. Sejak itu manajemen Perhutani terbagi menjadi tiga unit pengelolaan seperti sekarang yaitu Unit I Jawa Tengah, Unit II Jawa Timur dan Unit III Jawa Barat dan Banten.
Operaionalnya dilakukan oleh unit unit dibawahnya, yaitu Kesatuan Pemangkuan Hutan (KPH), Bagian Kesatuan Pemangkuan Hutan (BKPH) dan Resort Pemangkuan Hutan (RPH).
Secara regulasi, Perum Perhutani dipayungi oleh PP no.3 tahun 1983 tentang tata cara pembinaan dan pengawasan Perusahaan Jawatan (Perjan), Perusahaan Umum (Perum) dan Perusahaan Perseroaan (Persero) yang kemudian diganti dengan PP no. 36 tahun 1986 tentang Perusahaan Umum Kehutanan Negara (Perum Perhutani).
Menjelang runtuhnya pemerintahan orde baru, terjadi praktek penjarahan dan kerusakan lingkungan hidup yang hebat di tahun 1998 sehingga awal era reformasi terbit kembali PP baru no. 53 tahun 1999 tentang Perusahaan Umum Kehutanan Negara (Perum Perhutani) untuk menjawab krisis dan tuntutan perubahan demografi, ekonomi dan politik yang terjadi di pulau Jawa.
Tampaknya semangat reformasi juga menjalar kemasalah kelembagaan pengelolaan hutan jati. Dengan dalih efisiensi, efektifitas perencanaan dan pengurusan, oleh pemerintah Perum Perhutani diubah menjadi PT Perhutani (PP no.14/2001).
Akibatnya  berbagai pihak menuntut dan menggugat agar Perhutani kembali kebentuk Perum, karena dalam bentuk perseroan masuknya swasta akan mengubah misi Perhutani yang sarat akan tugas pelestarian dan fungsi sosial.
Masuknya swasta dengan orientasi keuntungan akan merusak upaya pelestarian hutan. Gugatan PP no.14/2001 melalui judicial review di Mahkamah Agung (MA) diterima dan akhirnya terbit PP no. 30 tahun 2003 tentang Perusahaan Umum Kehutanan Negara (Perum Perhutani) yang mengubah PT Perhutani menjadi Perum Perhutani.
Pada tahun 2010, terbit kembali PP no.72 tahun 2010 tentang Perum Perhutani yang dengan tegas mengarah pada penerapan secara utuh konsep timber management dalam skala yang lebih luas.
