Bumi manusia menceritakan pengalaman minke,seorang pribumi yang tumbuh di antara kalangan eropa terpelajar. Sampai-sampai ia hampir kehilangan jati dirinya sebagai pribumi. Tapi terlepas menjadi pribumi atau bukan, minke lebih memilih menjadi manusia bebas yang tidak diperintah dan tidak memerintah. Sesederhana itu makna kebebasan baginya.
Minke adalah orang terpelajar,siswa HBS, anak seorang gubernur. Perawakannya yang tampan lagi cerdas berhasil memukau setiap orang. Tak terkecuali Annelies Mellema, anak seorang "Nyai" yang terkenal di Wonokromo.
Nyai adalah sebutan untuk perempuan-perempuan yang dijual pada tuannya. Sekilas saja mendengarnya mungkin kita akan menilai nyai yang kemudian dikenal dengan nama nyai ontosoroh adalah seorang yang rendah susilanya, tak beradat dan tak beradab. Namun perilaku dan tindak tanduknya jauh dari definisi kilas-sekilas.
Nyai Ontosoroh adalah perempuan pribumi yang tegas, disiplin dan punya pendirian. Beberapa tokoh dalam buku ini bahkan menilai sosok Nyai Ontosoroh seharusnya hidup dalam generasi di masa depan. Pengetahuannya luar biasa banyak, wawasannya tentang Hindia maupun Nederland tak dapat dipungkiri lagi. Semua ia dapatkan dari proses belajar dengan Tuan Mellema, tuannya. Â Namun kemudian hubungan antara Nyai ontosoroh dan tuannya tidak begitu baik hingga akhirnya nyailah yang meneruskan jalannya perusahaan.
Minke kemudian hadir dalam keluarga Nyai Ontosoroh. Tak hanya hubungannya dengan Annelies yang penuh romansa yang dihadirkan dalam buku ini , tapi juga hubungan dendam-mendendam dengan Robert Mellema, abang dari Annelies Mellema yang merasa kedudukannya tergantikan dengan hadirnya Minke. Robert Mellema adalah seseorang yang sangat membenci pribumi, meskipun ia lahir dari rahim seorang pribumi asli.
Konflik memuncak ketika Robert Mellema dicurigai memesan pembunuh bayaran untuk membunuh Minke. Namun hal tersebut tak terjadi hingga cerita berakhir. Alih-alih minke yang terbunuh, malah Tuan Mellema yang ditemukan tak berdaya di sebuah kamar.Terbunuhnya Tuan Mellema kemudian sampai ke Pengadilan. Itulah pengadilan kulit putih pertama yang dihadapi oleh pribumi. Pada akhirnya hakim memutuskan status anak Tuan Mellema akan diasuh oleh wali sahnya di Belanda. Tidak lain karena ibunya hanya seorang gundik , dan berdasarkan hukum Eropa Annelies hanya punya hubungan dengan bapaknya.
Palu sudah diketuk, keadilan yang diharapkan menyentuh hati setiap orang bahkan barang sedikitpun tak  sudi melewati hati Nyai Ontosoroh. Minke yang terpelajar itupun tak mampu membalikkan fakta bahwa ia harus berpisah dari Annelies, yang bisa ia lakukan hanyalah menulis di surat-surat kabar. Berharap setiap yang membaca kisahnya akan berpihak pada dirinya.
Tulisan itu memang berhasil memunculkan simpati di hati beberapa orang bahkan beberapa pembesar. Tapi simpati itupun tak cukup untuk menahan Annelies tetap berada di Wonokromo, bersama minke suaminya dan nyai ontosoroh ibunya. Nyai Ontosoroh dan Minke memang telah melawan sebaik-baiknya dan sehormat-hormatnya, tapi perlawanannya kandas dengan perginya Annelies menggunakan bendi, membawa koper coklat dengan wajah yang pucat pasi tanpa kata perpisahan kecuali "Akupun tak akan kembali".
