Amin Rais yang sedang menyusun petisi untuk pemakzulan Gus Dur berjalan seiring dengan usaha Gus Dur untuk menghapus DPR. Oposisi terus berusaha melengserkan Gus Dur, disisi lain Demonstran NU tetap mempertahankan Gus Dur.
Gus Dur pun melawan dengan mencopot pihak-pihak oposisi di Kabinet seperti Yusril Ihza Mahendra dan Nurmahmudi Ismail yang mendukung permintaan pengunduran diri Gus Dur.
Kabinet Gus Dur mulai goyah berbanding terbalik dengan semakin kuatnya MPR mendukung pengunduran diri Gus Dur sebagai presiden. Akhirnya, MPR secara resmi memakzulkan Gus Dur dan menggantikannya dengan Megawati Soekarnoputri meski Gus Dur sempat bersikeras untuk tidak meninggalkan kursi kepresidenan.
Megawati menggantikan Gus Dur merupakan sebuah harapan baru untuk melakukan stabilisasi dan normalisasi kondisi politik, hukum dan keamanan yang merupakan problem peninggalan pemerintahan sebelumnya. Berhasil. Hubungan pemerintah dengan legislatif kembali pulih dan hubungan TNI dengan pemerintah pun kembali normal.
Beberapa prestasi menandai masa jabatan Megawati berhasil menjawab problematika Indonesia yang sebenarnya. Melakukan pemerataan pembangunan dengan membentuk provinsi baru berdasarkan kebutuhan yaitu Kepulauan Riau, Bangka Belitung, Sulawesi Barat, dan Papua Barat. Indonesia berhasil keluar dari IMF sebagai bukti bahwa Indonesia sudah keluar dari krisis ekonomi.
Melakukan pemberantasan KKN diantaranya dengan keberanian memenjarakan pasukan korupsi Orde Baru (Tommy Soehato, Bob Hasan dan Probosutedjo) dan mendirikan KPK sebagai salah satu upaya pemberantasan korupsi.
Bukan hanya itu, masih banyak prestasi Megawati yang sangat berpengaruh terhadap perekonomian, politik hukum dan keamanan di Indonesia yang tidak dapat disebutkan satu persatu.
Tahun 2004, SBY melanjutkan agenda reformasi yang belum 100% diselesaikan seperti korupsi, pelanggaran HAM dan pemerataan pembangunan. Perbaikan pendidikan melalui pemberian Bantuan Operasional Sekolah (BOS) dan kesehatan melalui Jaminan Kesehatan Masyarakat Miskin.
Pemberantasan Kolusi, Korupsi, dan Nepotisme (KKN) sebagai prioritas penting dalam masa kepemimpinannya. Namun, Hambalang dan Century tidak dapat diselesaikan.
Pelanggaran HAM pada tahun 1998 tidak dapat diselesaikan. Pembangunan Indonesia Centris tidak terlihat. Munculnya kasus terorisme global pun tidak dapat diselesaikan, penanggulangan bahaya narkoba, perjudian, dan perdagangan manusia juga masih menjadi problem yang berkepanjangan.
Di tangan Jokowi, ada tekad revolusi mental. Pemberantasan korupsi, pemerataan pembangunan: infrastruktur pendidikan, kesehatan dan lain sebagainya termasuk penyelesaian kasus pelanggaran HAM.
