Kemarahan demonstran Malaysia ini juga menyulut emosi Soekarno, ia ingin melancarkan gerakan yang terkenal dengan nama Ganyang Malaysia sebagai semangat anti imperialisme inggris. Tindakan tersebut disusul dengan keluarnya Indonesia dari PBB karna Soekarno merasa tidak puas terhadap cara PBB menyelesaikan konflik yang ada hingga akhirnya tahun 1965 politik dan ekonomi di Indonesia semakin kacau. Puncaknya ketika terjadi Gerakan 30 September atau G30S yang dilancarkan komunis meletus.
Peristiwa G30S membuat Soekarno lengser dan digantikan Soeharto. Pada masa suharto inilah Permasalahan konfrontasi Indonesia-Malaysia pun resmi berakhir (sementara) setelah diadakannya Persetujuan Bangkok yang ditandatangani Menteri Luar Negeri Indonesia Adam Malik, Wakil Perdana Menteri Malaysia Tun Abdul Razak, Menteri Luar Negeri Filipina Narciso Ramos, Menteri Luar Negeri Singapura S. Rajaratnam, Menteri Luar Negeri Thailand Thanat Khoman.  Isi  persetujuan ini adalah kedua negara sepakat untuk segera memulihkan hubungan diplomatik dan menghentikan konflik.  Pada 28 September 1966, Indonesia kembali menjadi anggota PBB yang diikuti dengan reintegrasi hubungan Indonesia-Malaysia.
Referensi: Dahana, A, dkk. (2012). Indonesia dalam arus sejarah jilid 7: Pascarevolusi. Jakarta: Ichtiar Baru Van Hoeve. Irawan.(2018). Sejarah Diplomasi Indonesia. Klaten: Penerbit Cempaka Putih.
