Perang Dunia Ninja ke-4 terjadi pada masa Hokage Tsunade. Perang ini terjadi karena di latar belakangi oleh kesalahpahaman antar teman dan menjadi runyam. Pada masa Hokage Hiruzen, tim yang akan menjalankan misi yaitu tim Minato, Minato adalah guru dari anggota timnya yaitu, Kakashi, Obito, dan Rin. Suatu hari tim Minato menjalankan misi, sebelum menjalankan misi, Rin, Kakashi, dan Obito berkumpul di suatu tempat. Kemudian Rin mengucapkan selamat ulang tahun kepada Kakashi, karena pada hari itu adalah ulang tahunnya Kakashi. Rin memberikan hadiah kepada Kakashi dan kemudian Rin bertanya kepada Obito, "Apakah kamu tidak mau mengucapkan selamat ulang tahun kepada Kakashi?" Obito terdiam, kemudian Minato datang dan menjelaskan misinya. Ketika sedang menjalankan misinya, musuh datang dan mulai terjadi kericuhan. Kemudian Minato meminta muridnya untuk pergi dan meninggalkannya, ketiga muridnya pergi menjalankan misi tanpa Minato. Di pertengahan jalan ternyata ada musuh, mereka bertarung dan pada saat bertarung mata Kakashi terkena kunai, yang menyebabkan pendarahan. Sedangkan Rin di culik dan di sandera di dalam gua. Tidak lama, Minato datang dan menyuruh Kakashi serta Obito untuk menyelamatkan Rin. Namun, bagi Kakashi yang terpenting adalah keberhasilan misinya. Kemudian mereka bertengkar, Obito memilih untuk menyelamatkan Rin dan berhasil menemukannya. Namun, musuh datang dan Obito harus melawannya sendirian. Disisi lain, Kakashi yang merasa tidak enak karena perkataan Obito sebelumnya, "Shinobi yang melanggar aturan adalah sampah! Tapi shinobi yang meninggalkan sahabatnya lebih rendah dari sampah!" Akhirnya, Kakashi kembali dan mencari temannya. Setelah bertemu, Kakashi langsung menghajar para musuh. Ketika para musuh sudah terkapar, Kakashi dan Obito segera menyelamatkan Rin dan mencari tempat persembunyian yang aman. Setelah menemukannya, tiba-tiba terdengar suara gemuruh reruntuhan, dan ternyata itu adalah suara bagian dari gua yang akan runtuh disebabkan oleh pertarungan. Merema segera mencari jalan keluar, saat sudah menemukan jalan keluar, tiba-tiba terlihat batu besar akan menimpa Rin, dengan cepat Obito mendorong Rin yang membuat setengah badan Obito tertimpa batu besar itu. Kakashi dan Rin sangat panik sambil berusaha mengangkat  batu besar itu namun tidak bisa. Hingga akhirnya Obito mengatakan, "Cepatlah pergi dari sini, aku sudah tidak bisa bertahan, aku tidak apa-apa." Kakashi dan Rin tidak bisa merelakannya begitu saja, namun, gua itu akan segera roboh dan menimpa semua yang ada di bawahnya. Akhirnya, Obito mengatakan, "Kakashi, terimalah mataku, ini adalah hadiahku untukmu." Namun Kakashi menolaknya. Obito sudah pasrah akan kematiannya dan memohon untuk menerima mata sharingannya dan berkata, "Terimalah Kakashi, agar aku bisa terus mengawasi kalian, dan lakukanlah operasi kecil ini Rin!" Karena itu adalah permintaan terkahir Obito, dengan berat hati Rin melakukan Operasi itu. Setelah operasi selesai, Obito menyuruh mereka untuk segera keluar dari gua dan berkata, "Segeralah keluar, Kakashi, tolong jagalah Rin untukku." Rin dan Kakashi keluar dengan berat hati.
Setelah itu, Minato datang, dan setelah mendengar kematian Obito sangatlah menyayanginya. Namun, kenyataannya Obito tidaklah mati, Obito di asuh oleh kakek tua yang selalu mendoktrinnya. Obito tidak berani menunjukkan dirinya kepada desa Konoha, dan hanya bisa melihat dari jauh saja. Hingga akhirnya, Obito menyaksikan Kakashi membunuh Rin karena keadaan bahwa Rin akan dijadikan Jinchuriki oleh desa musuh. Rasa dendam kecewa Obito kepada Kakashi yang tidak bisa menepati janjinya, hinga akhirnya Obito menyamar sebagai Tobi dan menjadi dalang dari Perang Dunia Ninja ke-4. Selain itu, dalang dari Perang Dunia Ninja ini adalah Zetsu, anak dari Kaguya yang menghasut agar terjadinya perang besar dan bisa menghidupkan Kaguya Kembali.
