Pengadilan Tata Usaha Negara sebagai salah satu badan peradilan khusus yang berada di bawah MA, berdasarkan UU No 5 Tahun 1986 tentang pengadilan Tata Usaha Negara sebagaimana telah diubah menjadi UU No 9 Tahun 20004, pada pasal 47 mengatur tentang kompetensi PTUN dalam peradilan di Indonesia yang bertugas dan berwenang untuk memeriksa, memutus, dan menyelesikan sengketa tata usaha negara. Kewenangan tersebut berada di lingkungan administrasi itu sendiri.
Pada poin (g) pasal 2 UU no 9 Tahun 2004 tentang perubahan atas UU no 5 Tahun 1986 tentang PTUN, PTUN tidak dapat mengadili putusan KPU mengenai sengketa hasil PEMILU. sedangkan MA mengeluarkan SEMA yang bertentangan dengan UU tersebut perlu diketahui bahwa mengadili sengketa putusan KPU/KPUD telah diatur menurut UU No 8 Tahun 2015 Tentang Perubahan Atas UU No 1 Tahun 2014 tentang pemilihan Gubernur, Bupati, dan Walikota menjadi UU pasal 157 yang memuat:
1. Perkara perselisihan hasil pemilihan diperiksa dan diadili oleh badan peradilan khusus.
2. Badan peradilan khusus sebagaimana dimaksud pada ayat (1) dibentuk sebelum pemilihan serentak nasional.
3. Perkara perselisihan penetapan perolehan suara hasil pemilihan diperiksa dan diadili oleh MK sampai badan peradilan khusus.
 4. peserta pemilihan dapat mengajukan permohonan pembatalan penetapan hasil perhitiungan perolehan suara oleh KPU Provinsi dan KPU Kabupaten/Kota kepada MK.
Di dalam pasal tersebut sudah sangat jelas dijelaskan bahwa kewenangan untuk menyelesaikan perkara suatu badan peradilan khusus yang terbentuk sebelum dilakukannya pemilihan. Namun, apabila peradilan khusus itu belum dibentuk maka yang berwenang mengadili adalah MK bukanlah PTUN.
