28 mei 2008 pesawat Express Air Tujuan Jakarta dengan transit di manokwari dan makasar mengalami pecah suspensi roda bagian depan sehingga tidak mampu memutar. Beruntung hal ini diketahui pilot sesaat akan meninggalkan upron menuju landasan pacu. 108 penumpang diturunkan dan terpaksa batal berangkat. Puluhan petugas mendorong pesawat jenis boeing 737-300 tersebut sejauh 600 meter dari run way menuju apron bandar udara rendani. Pesawat sendiri akhirnya diperbaiki usai sparepart-nya didatangkan sehari kemudian dari jakarta. Sementara penumpangnya diberangkatkan dengan pesawat pengganti maupun pesawat lain.
Hampir setahun kemudian, tepatnya tanggal 20 mei 2009 pesawat merpati jenis twin otter pecah ban dibandara rendani Manokwari usai melakukan penerbangan dari bandar udara Kabupaten Teluk Bintuni pulang pergi. Saat melakukan pendaratan di Run Way, pesawat akhirnya didorong puluhan petugas untuk dapat sampai di Upron. Enam orang penumpangnya selamat, meski dengan muka pucat pasi.
13 april 2010 Pesawat merpati Boeing 737 seri 300 dengan Nomorpenerbangan MZ 836 tidak dapat mendarat dengan sempurna. Diduga akibat sistem pengeremannya yang tidak berfungsi dengan baik.Akibatnya, lebih dari tiga puluh penumpang mengalami luka luka, sementara pesawatnya sendiri terperosok didalam sungai. Empat hari kemudian bangkai pesawat dievakuasi dengan terlebih dahulu dipotong potong. Hingga kini KNKT masih terus menyelidiki penyebab tergelincirnya pesawat tersebut.
10 agustus 2010 Pesawat merpati Boeing 737 seri 300 didorong oleh warga karena tidak mampu berputar di ujung landasan bandara. Penumpang dievakuasi menuju ruang tunggu. Diduga kapten pilot tidak mau mengambil resiko memutar pesawat di runway yang sempit dan khawatir pesawat anjlok. Saat itu bandara rendani sedang mengalami renovasi dalam rangka memperlebarrun way-nya.
