Dalam suatu program layanan, organisasi dan administrasi adalah suatu hal yang tidak dapat dihilangkan. Salah satu fungsi manajemen bimbingan dan konseling adalah pengorganisasian pelaksanaan bimbingan dan konseling itu sendiri, yang merupakan susunan, prosedur, tata kerja, tata laksana, dan hal-hal lain yang mengatur organisasi itu agar bisa berjalan lancar. Menurut Atmodiwirio (2000;100) pengorganisasian dapat diartikan sebagai keseluruhan proses pengemlompokan orang-orang, alat-alat, tugas-tugas, tanggung jawab dan wewenang sedemikian rupa, sehingga tercipta suatu organisasi yang dapat digerakkan sebagai suatu kesatuan dalam rangka pencapaian tujuan yang telah ditentukan.
Agar kegiatan antar komponen organisasi dapat dipahami, dan dijadikan pedoman dalam bekerja, maka perlu dituangkan dalam struktur organisasi. Agar antara komponen yang satu dengan yang lain berkaitan, masing-masing komponen berinteraksi untuk mencapai tujuan organisasi diperlukan kerangka yang berfungsi sebagai pedoman pelaksanaan kerja sama. Kerangka kerja sama itu disebut struktur.
Dalam administrasi bimbingan dan konseling terdapat fase yang dibagi menjadi tiga yaitu :
- Pengarahan, merupakan fase administratif yang mencakup koordinasi, control dan stimulasi terhadap yang lain. Pengarahan sangat penting dalam administrasi bimbingan konseling. Karena pengarahan dalam bimbingan dan konseling dapat menciptakan suatu koordinasi dan komunikasi dengan seluruh staff bimbingna yang ada. Mampu  mendorong staff bimbingan dalam melaksanakan tugas-tugasnya. Memungkinkan kelancaran dan efektivitas pelaksanaan program yang telah direncanakan.
- Supervisi kegiatan bimbingan, yaitu pengawasan utama dan pengontrolan tertinggi. Cakupan supervisi yaitu sebagai kontrol kualitas yang direncanakan untuk memelihara, menyelenggarakan, dan menentang perubahan. Mengadakan perubahan, penataran, dan mengadakan perubahan perilaku. Adanya supervisi dalam program bimbingan dan konseling ini adalah untuk mengontrol kegiatan-kegiatan dari para personil bimbingan yaitu bagaimana pelaksanaan tugas dan tanggung jawab mereka masing-masing. Mengontrol adanya kemungkinan hambatan-hambatan yang ditemui oleh para personil bimbingan dalam melaksanakan tugasnya masing-masing. Memungkinkan untuk mencari jalan keluar terhadap hambatan-hambatan sehingga dapat terlaksananya program bimbingan secara lancar kearah pencapaian tujuan sebagimana yang telah ditetapkan.
- Penilaian program layanan bimbingan, yaitu segala upaya, tindakan, atau proses untuk menentukan derajat kualitas kemajuan kegiatan yang berkaitan dengan pelaksanaan program bimbingan di sekolah dengan mengacu pada kriteria atau patokan-patokan tertentu sesuai dengan program bimbingan yang dilaksanakan.
