Pencemaran sungai berkaitan erat dengan aktivitas industri yang berada di dekat sungai. Umumnya mereka memang sengaja membangun pabrik atau tempat produksi di dekat sungai untuk kepentingan pembuangan yang (dianggap) lebih mudah. Pabrik tinggal membuat saluran pipa yang langsung tersambung ke sungai dan voila..! dalam sekejap, limbah akan terbuang tanpa bekas. Efeknya selain mengubah warna air, juga membuat biota-biota sungai terancam. Lebih bahaya lagi jika air dari sungai tersebut digunakan untuk mengaliri sawah atau tanah garapan penduduk, maka dipastikan berpengaruh juga pada kualitas tanaman yang dibudidayakan.
Pabrik atau perusahaan yang memilki aktivitas terkait sebetulnya sudah dibuatkan Standar Operasional Prosedur (SOP) mengenai pengelolaan dan pembuangan limbah, supaya tidak secara langsung dibuang ke laut/sungai. Namun seringnya hal tersebut dianggap kurang penting dan memakan biaya yang cukup besar, karena berarti perusahaan harus mengadakan beberapa sarana untuk menetralisir residu racun dari limbah dan yang lain-lain.
Kasus pencemaran sungai seakan tak pernah berhenti, selalu terulang, menunjukkan bahwa etika serta rasa tanggung jawab masih belum terbentuk sempurna. Di satu sisi, pemerintah pun juga menjadi sosok yang bisa dipandang lepas tangan atau kurang tegas, sehingga kejadian serupa selalu terulang di tiap tahun.
Baru-baru ini, Sungai Segah di Berau kembali tercemar. Air sungai berubah menjadi hijau pada 5 Januari 2020. Hal ini mengakibatkan ikan-ikan milik petani keramba yang berada di alur Sungai Segah mati tiba-tiba. Bupati Berau, H. Muharram mengungkapkan dugaan dalang dibalik pencemaran, yakni PT Hutan Hijau Mas (HHM) dan PT Satu Sembilan Delapan (SSD). Kegiatan pemupukan yang mereka lakukan sepertinya menumpuk saat musim kemarau dan kemudian terbawa air saat musim hujan. "Ini kewenangan provinsi untuk menindak langsung, tapi saya sudah instruksikan supaya saluran limbah mereka ditutup supaya tidak terus merugikan alam dan warga" tegasnya.
