Saat ini, UAJY memiliki tujuh program studi pascasarjana. Lima prodi UAJY yang resmi beroperasi belakangan adalah Magister Ilmu Hukum, Magister Teknik Informatika, Magister Teknik Arsitektur, Magister Ilmu Komunikasi, dan Magister Teknik Industri.
Di antara tujuh prodi itu, lima prodi sudah mendapat akreditasi unggulan dari BAN-PT. Program Magister Manajemen, Magister Hukum, dan Arsitektur mendapat akreditasi A. Program Magister Informatika mendapat akreditasi B. Lalu, Program Magister Teknik Sipil telah mendapat akreditasi terbaru, yaitu akreditasi Sangat Baik. Sementara, prodi Magister Ilmu Komunikasi dan Magister Teknik Industri belum mendapat akreditasi karena belum lama resmi beroperasi.
Untuk mengembangkan Program Pascasarjana, UAJY bekerja sama dengan berbagai lembaga dan universitas terkemuka. Bentuk kerja sama yang dilakukan adalah pertukaran dosen maupun mahasiswa untuk meningkatkan SDM mahasiswa Pascasarjana.
