Atas idealisme, dan berbagai gebrakan kebijakan tersebut, Depag relatif berubah ke arah yang lebih baik. Tolok ukur yang paling sederhana adalah adanya apresiasi positif dari berbagai kalangan terhadap penyelenggaraan ibadah haji pada masa ia menjadi Menteri Agama. Mulai dari Presiden, kalangan DPR/MPR, hingga pemerhati masalah haji menyebut penyelenggaraan haji sebagai yang terbaik dibanding tahun-tahun sebelumnya. Bahkan pihak otoritas haji Arab Saudi menggunakan kata mumtazjiddan untuk menggambarkan penyelenggaraan haji Indonesia pada masa itu amat baik.
Berbagai rangkaian gebrakan kebijakan tersebut, mendorong sebuah harian nasional terkemuka di Ibu Kota memberi gelar Tokoh Perubahan 2007 kepada Muhammad Maftuh Basyuni. Â Sebuah gelar yang tidak mengada-ada, untuk memberi apresiasi atas kerja keras Maftuh Basyuni dalam membenahi dan mendorong perubahan manajerial di Departemen Agama.
Suatu saat ketika ia ditanya awak media, Maftuh berkata berani melakukan semua itu karena "merasa tidak tahu". Bisa jadi pernyataan ini benar, akan tetapi dengan melihat gebrakannya saat menjabat menteri agama dengan  berbagai Kebijakan, Kinerja dan Prestasinya saat membenahi Departemen Agama, bisa dikatakan bahwa perubahan yang dilakukan Maftuh Basyuni tidak lahir secara kebetulan, tidak asal berubah, dan bukan tanpa arah maupun tujuan, apalagi cerminan dari ketidaktahuannya.
Berbagai realitas itulah yang akhirnya menjadikan Maftuh Basyuni sebagai salah seorang tokoh nasional yang memperoleh gelar Tokoh Perubahan pada Tahun 2007 dan menerima Bintang Mahaputera Adipradana pada Tahun 2014. Ia bukan saja dikenal sebagai seorang diplomat senior yang kaya dengan pengalaman, namun juga seorang anak kiai dari Rembang yang memiliki idealisme, komitmen dan dedikasi dalam bidang sosial keagamaan. Sebagai anak yang dilahirkan, dididik dan dibesarkan di lingkungan pesantren, Ia tampil sebagai sosok profesional yang memiliki disiplin kuat, namun tetap bersahaja.
21 September 2016, mantan Menteri Agama Maftuh Basyuni meninggalkan kita. Ia menghembuskan nafas terakhir pada usia 77 Tahun di RS Gatot Subroto pada Selasa petang, pukul 18.30 WIB, setelah beberapa hari dirawat di rumah sakit tersebut. Jenazah almarhum kemudian disemayamkan di rumah Duka di Pengadegan Jakarta Selatan. Pukul 11.00 Wib dibawa ke Masjid At-Tin Taman Mini Indonesia Indah untuk dishalatkan. Setelah itu jenazah dibawa ke TMP Kalibata untuk dimakamkan.
Walaupun cuaca pada saat itu tidak mendukung, Presiden RI ke-6 Prof Dr H. Susilo Bambang Yudhoyono tampak menghadiri pemakaman untuk memberikan penghormatan terakhir kepada almarhum. Menurut SBY : "Semasa hidupnya, Maftuh Basyuni merupakan tokoh yang pandai menjaga silahturahmi dengan para pemimpin agama, baik Islam, maupun agama lain. Maftuh sosok yang tegas ketika harus mengambil posisi. Di samping itu almarhum merupakan sosok yang lurus, bersih serta amanah". Kepergian almarhum, meninggalkan kesedihan dan kesan yang mendalam bagi keluarga, kolega, sahabat, dan keluarga besar Kementerian Agama serta bangsa ini.
