Berbagai penolakkan dilakukan oleh berbagai unsur masyarakat, salah satunya dilakukan oleh mahasiswa Universitas Cendrawasih yang dilakukan pada Selasa, 14 Juli 2021. Aksi demonstrasi ini berakhir dengan adanya penangkapan yang dibarengi aksi represif oleh aparat kepolisian sehingga mengakibatkan lima mahasiswa terluka (CNN, 2021).
Selain aksi demonstrasi yang dilakukan, perlawanan juga dilakukan melalui jalur hukum. Saat ini, Mahkamah Konstitusi tengah menggelar sidang perkara Sengketa Kewenangan Lembaga Negara (SKLN) antara Majelis Rakyat Papua (MRP) dan Majelis Rakyat Papua Barat terhadap Presiden Republik Indonesia.
 Pemohon mempermasalahkan fakta bahwa perubahan UU Otsus Papua ini di-inisiasi-kan oleh presiden dan DPR, dimana kewenangan ini sepenuhnya dipegang oleh MRP dan bukan pemerintah pusat (Mahkamah Konstitusi, 2021).
Pengesahan Undang-Undang Nomor 2 Tahun 2021 tentang Otonomi Khusus Papua menambah catatan buruk untuk Presiden Jokowi dan DPR RI perihal pembentukan undang-undang yang tidak melibatkan unsur rakyat yang terdampak.Â
Padahal, Presiden Jokowi menjadi salah satu Presiden dan mungkin satu-satunya Presiden RI yang datang ke Papua dan dianggap menjadi salah satu pemimpin yang mengayomi Papua secara penuh.Â
