Sudah menjadi hal lumrah bahwa pasar rakyat memiliki harga yang lebih murah di banding pasar modern karena biaya operasional yang tidak besar, begitu pula halnya dengan Pasar Klithikan Pakuncen ini. Pasar ini bagi warga Yogyakarta sudah dikenal menyediakan barang berkualitas dengan harga yang sangat murah. Jika melihat sejarahnya, tidak diketahui secara pasti kapan pertama kali pedagang pasar-pasar bekas ini ada, tetapi banyak yang beranggapan bahwa pasar ini muncul sekitar tahun 1960-an, di saat ekonomi Indonesia sedang terpuruk. Beberapa orang di Jogja yang menjadi korban dari krisis itu lalu mencoba mencari alternatif pekerjaan. Ada yang buka angkringan atau membuka usaha lain seperti berjualan di lokasi-lokasi emperan strategis di Jogja. Salah satu emperan strategis waktu itu terletak di Jalan Mangkubumi. Di jalan itu orang-orang datang, memanfaatkan ruang kosong di depan toko-toko yang sudah tutup, dengan menggelar berbagai macam barang hanya dengan beralas sebuah tikar. Ada per (shockbreaker) motor, jam tangan kuno, baterai handphone, gelas atau piring kuno, dan lainnya. “Jika barang aneka macam itu di tata, bunyinya ‘klithik-klithik’. Lalu sering disebut Pasar Klithikan,” kenang Fatur (Ketua Paguyuban Pasar Klithikan). Walau telah pulih dari keterpurukan ekonomi, keberadaan pasar ini terlanjur menjadi tradisi bagi warga Yogyakarta, sehingga dapat bertahan dalam bentuknya yang asli hingga menjelang tahun 2008. Dan akhirnya November 2007 para pedagang yang berlokasi di berbagai sudut kota Jogja seperti Asem Gede, Alun-alun Kidul (Alkid), dan Jalan Mangkubumi direlokasi oleh pemerintah ke pasar yang sekarang disebut Pasar Klithikan Pakuncen dikarenakan untuk penataan kota agar menjadi lebih rapi. Para pedagang awalnya takut dampak buruk yang diakibatkan relokasi pasar ini, namun ternyata semua terjawab dengan para pengujung yang berduyun-duyun mendatangi pasar ini. Keputusan pemerintah berbuah manis, para pedagang pun bahagia karena penghasilannya semakin bertambah.
Pasar Klithikan kini memiliki sarana dan prasarana pendukung seperti pusat informasi pasar, yang dapat membantu dalam pencarian barang antik yang diinginkan. Selain itu pasar ini memiliki lahan parkir yang luas, toilet dan mushola.Bagi para pengunjung yang hobi mengoleksi barang-barang antik dan unik, Pasar Klithikan adalah tempat yang paling cocok untuk melengkapi koleksi yang kurang. Pasar Klithikan merupakan tempat transaksi barang-barang antik dan barang-barang bekas masyarakat Yogyakarta dan sekitarnya. selain itu Pasar Klithikan juga terkenal sebagai pasar serba ada, mulai dari pakaian, sepatu, onderdil motor, handphone, botol minuman, keris, sampai peralatan militer ada di Pasar Klithikan. Pedagang pasar Klithikan Pakuncen ini seluruhnya berjumlah 718, terdiri dari 697 pedagang dari tiga pasar yang direlokasi dan 21 pedagang yang disediakan untuk masyarakat sekitar pasar. Serta terdiri dari empat blok, yakni Blok A, B, C dan Zona X. Blok A terdiri dari dua lantai, lantai atas khusus kios dengan barang dagangan berupa handphone (hp) dan aksesoris, baik bekas maupun baru. Sementara lantai bawah untuk barang bekas dan baru, antara lain alat musik, sepatu, kamera dan lain-lain. Mau cari uang kuno sebagai mahar pernikahan, di lantai ini juga tersedia. Blok B khusus untuk kios dengan barang dagangan berupa aksesoris anak muda semisal topi, ikat pinggang, helm, hingga spare part sepeda motor. Sedangkan Blok C, mayoritas untuk fashion, baju baru dan juga baju bekas atau kerap disebut dengan istilah "awul-awul". Untuk Zona X ini paling baru, kios-kios di zona ini menjual berbagai kebutuhan sandang, mulai anak, remaja hingga dewasa. “Kalau blok pakaian biasanya menjual barang-barang yang masih baru, selain itu hampir semua blok menjual barang second”, imbuh Fatur. Kini dengan bangunan yang baru dan penataan dagangan yang baik membuat pengunjung tidak henti mendatangi pasar ini, walaupun beberapa saat lalu terjadi kebakaran di Pasar Klithikan Pakuncen ini namun kini sudah diperbaiki kembali.
