Dalam sejarah Republik ini, Ulama dan penguasa memang tidak pernah di ditakdirkan berjalan beriringan, pemisahan politik dari agama mulai jaman baheula seperti sebuah harga mati buat kalangan sekuler dan kalangan di luar Islam.
Soekarno yang di awal pergerakan begitu mesra dengan tokoh tokoh Islam dalam mengkonsep Republik, rontok oleh rayuan ideologi PKI, dari sinilah catatan kriminalisasi terhadap ulama dan pengikutnya dimulai.