Kekuatan mode baryon Naruto awalnya dianggap sepele oleh otsutsuki Isshiki, namun setelah ia merasakan serangan dari Naruto Isshiki tiba-tiba bungkam karena sulit mengimbanginya.
Naruto berhasil melancarkan serangan bertubi-tubi terhadap Isshiki, disamping serangan yang kuat ternyata serangan Naruto mode baryon ini mampu menyusutkan umur Isshiki secara drastis.
Namun, sayangnya mode baryon tidak dapat bertahan lama dan Naruto sempat batuk darah dan aura merah pun lambat laun menghilang sehingga Isshiki mampu menyadari cara kerja mode baryon tersebut.
Saat mode baryon mulai pudar, Isshiki langsung menghajar balik Naruto hingga babak belur. Saat Isshiki muntah darah juga ia terlihat sangat marah karena serangan Naruto tersebut memiliki efek untuk mengurangi umur Isshiki.
Meskipun usia otsutsuki Isshiki tinggal lima menit lagi ia masih bisa berpikir dengan jernih, ia langsung mendeteksi keberadaan Kawaki melalui tangan buatan yang terhubung langsung dengan cakra Naruto.
Kemudian Isshiki langsung menggunakan teknik teleportasi untuk memindahkan Kawaki dari persembunyiannya yang sulit ditembus dengan penglihatan mata byakugan milik otsutsuki Isshiki.
Kawaki pun berhasil dipindahkan Isshiki kedekatnya dan langsung mencekiknya karena ia kesal Kawaki mencoba kabur dari dirinya.
Spoiler Boruto episode 218 nanti menceritakan detik-detik kematian otsutsuki Isshiki dan munculnya otsutsuki Momoshiki yang menghancurkan mata rinengan milik Sasuke.
Tak mau buang-buang waktu Isshiki pun berencana ingin segera menanamkan karma ketubuh Kawaki dan dengan cepat Sasuke melakukan teknik pemindahan dengan menggunakan mata rinengannya.
Dan akhirnya, Kawaki pun bebas dari sergapan Isshiki dan yang tercekik menjadi Sasuke. Untuk mengaburkan penglihatan byakugan Isshiki Sasuke meledakkan bom mineral agar ia tidak bisa mendeteksi pergerakan Kawaki.
Setelah itu Isshiki menghempaskan tubuh Sasuke ketanah karena tidak ingin membuang-buang waktu yang semakin mepet.
Isshiki pun terbang keatas untuk mencoba melihat keberadaan Kawaki dari atas dan ternyata semua sia-sia, lalu Isshiki menggunakan teknik matanya untuk memanggil peralatan tempurnya agar menghancurkan semua tumpukan batu yang menghalangi penglihatannya.
Lagi-lagi cara tersebut gagal, kemudian ia menghampiri Naruto yang sudah tergeletak tidak berdaya dan melakukan serangan agar Kawaki keluar.
Otsutsuki Isshiki pun teringat jika Kawaki sangat peduli dengan Naruto, kemudian ia mengancam Kawaki "jika kamu tidak keluar maka hokage yang kamu hormati akan kubunuh sekarang juga".
Gertakan tersebut awalnya tidak manjur, dan Isshiki pun menginjak tubuh Naruto hingga memuntahkan darah, kemudian Isshiki mengerta untuk kedua kalinya dan Kawaki pun muncul.
Setelah Kawaki muncul, ekspresi Naruto dan Sasuke berupa drastis terlihat raut wajah kecewa, Sasuke pun berkata "dasar anak bodoh" dan kemudian Sasuke kembali tergeletak karena sulit bangkit.
Da akhirnya otsutsuki Isshiki pun tertawa dan berkata "aku akan bangkit lagi dan akan menghabisi kalian semua", mendengar perkataan Isshiki Kawaki pun tertawa dan berkata "tidak, kau akan mati makhluk sialan" karena karma yang kau tanam itu hanya di bunshinku tidak ditubuh asliku.
Karena karma tidak akan bekerja jika ditanamkan di dalam bunshin, dan tubuh asli Kawaki pun keluar dari persembunyiannya.
Dan Naruto dan Sasuke pun tersenyum dan salut dengan ide Kawaki yang mengelabui Isshiki. Isshiki pun tertipu untuk kedua kalinya setelah Sasuke menipu dirinya dengan serangan shuriken dan kemudian menyembunyikan Boruto dipedangnya.
Melihat kondisi Isshiki yang sudah mau tewas, otsutsuki Momoshiki pun muncul dan langsung mengendalikan tubuh Boruto dan langsung menyerang mata rinengannya Sasuke dengan kunainya Boruto.
Dan setelah itu Momoshiki pun melepaskan kendalinya dari tubuh Boruto, dan kini Momoshiki tinggal menunggu proses ekstraksi 100% untuk dapat bangkit menggunakan tubuh Boruto.
Momoshiki sepertinya ingin menumbalkan Isshiki untuk makanan juubi agar berubah menjadi pohon suci tapi usahanya sia-sia dan akhirnya otsutsuki Isshiki pun benar-benar tewas dan tidak bisa bangkit lagi.
 Meskipun berhasil melenyapkan otsutsuki Isshiki namun itu harus dibayar dengan mahal yaitu dengan mengorbankan nyawa Kurama dan juga mata rinengannya Sasuke.
Tugas berat pun menanti Sasuke dan Naruto karena kematian Isshiki awal mulanya kematian dari Naruto dan Sasuke saat berhadapan dengan Code.
Seperti diketahui duo Shinobi terkuat Konoha tersebut sudah tidak memiliki kekuatan utamanya lagi. Seperti yang disampaikan Amado jika orang terkuat di organisasi Kara adalah Code bukan Jigen atau Isshiki.
Jadi ini adalah masalah besar bagi Konoha, karena Code adalah pemuja setia otsutsuki Isshiki.
