Proses pembangunan tahap ini sudah mulai dikerjakan sejak 2013 dan akan beroperasi penuh pada tahun 2019. Pada tahapan kedua ini melanjutkan jalur selatan-utara yang sebelumnya berhenti di Bundaran HI kini menyambung sampai dengan Ancol dengan jarak 13,3 km. tahap kedua ini akan dimulai pembangunannya ketika tahap satu sudah mulai beroperasi dengan layak dan akan ditargetkan pada tahun 2020.
Untuk saat ini, MRT Jakarta sudah beroperasi dengan lancar dan dapat digunakan oleh siapapun, namun jalur yang ada masih dalam jalur terdekat. Yang mana jalur MRT belum sepenuhnya ada di wilayah Jakarta, melainkan hanya ada di pusat kota yang menjadi tempat penuh aktivitas kemacetan. Adanya MRT ini membuat pemerintah banyak berharap pertama tentang kemacetan yang sangat padat, pemerintah berharap dengan adanya MRT membuat Jakarta mengurangi kemacetan yang ada. Karena banyak masyarakat yang beralih menggunakan MRT tersebut. Selain itu dengan adanya MRT juga dapat memperkecil polusi udara yang ada di Jakarta, dengan banyaknya masyarakat yang beralih memungkinkan berkurangnya kendaraan pribadi dan otomatis juga akan berkurangnya polusi udara.
