Banyaknya pembangunan infrasutuktur di Ibu Kota menimbulkan banyak kontroversi dalam pembiayaan yang dilakukan pemerintah. Banyak masyarakat awam yang tidak tahu banyak tentang hal ini berpikir, jika adanya pembangunan akan menambah utang negara dan menjadikan Indonesia dalam keterpurukan hutan yang semakin banyak.
Jakarta merupakan Ibukota yang mempunyai infrastuktur terlengkap dibandingkan dengan kota daerah lainnya. Banyaknya aktivitas dan kurangnya fasilitas membuat pemerintah banyak melakukan pembangunan secara besar dari waktu ke waktu. Dan baru-baru ini pada tahun 2019 lalu, pemerintah telah menyelesaikan transportasi baru yang bernama MRT. Pada 10 Oktober 2013 lalu, pemerintah telah memulai proyek pembangunan Moda Raya Terpadu Jakarta atau yang lebih dikenal dengan MRT Jakarta. Pembangunan ini adalah salah satu dari sekian banyak pembangunan infrastruktur Jakarta yang bekerja sama dengan negara tetangga atau bisa  dikatakan pemerintah menerima pinjaman.
Rencana pembangunan MRT Jakarta sebenarnya sudah ada sejak tahun 1985. Namun saat itu proyeknya masih belum dinyatakan sebagai proyek nasional. Kemudian pada tahun 2005, Presiden RI menyatakan bahwa proyek MRT termasuk kedalam pengerjaan proyek nasional yang berada dibawah tanggung jawab Pemerintah Pusat dan Pemerintah Provinsi DKI Jakarta.
Dana yang dikeluarkan pemerintah dalam membangun MRT tidaklah sedikit, melainkan mengeluarkan dana yang dapat dibilang fantastis nilainya. hal ini tentu saja mendapatkan banyak pertimbangan yang matang. Pembangunan MRT tidak serta merta langsung selesai dalam waktu yang singkat. Pembangunan ini mengalami beberapa tahapan pembangunan yang mana pada kedua tahap ini menghabiskan waktu kurang lebih lima tahun. Dan kini MRT sudah dapat dinikmati banyak warga Jakarta, meskipun lintasan jalur belum sepenuhnya lengkap.
Dalam perda No 4 tahun 2008, yang berisi tentang pemerintah dalam melakukan pendanaan pembangunan MRT. Pada bab 3 Pasal 5 (1) tertulis 'Pemerintah Provinsi DKI Jakarta berkewajiban melakukan Penambahan Penyertaan Modal Daerah pada Perseroan selain yang telah diperjanjikan dalam Peranjian Hibah dan Peranjian Penerusan Pinjaman yang 'dilakukan antara Pemerintah Provinsi DKI Jakarta dan Pemerintah'.
Dalam pembangunan MRT, hal ini merupakan proyek pertama di Indonesia yang menerapkan skema three sub level agreement, skema ini diantara peminjam kepada pemerintah Jepang, melalui Japan International Coorperation Agency atau JICA dan pemerintah Pusat, Pemerintah Provinsi DKI Jakarta dan PT. MRT Jakarta sebagai Badan Usaha Milik Daerah Provinsi DKI Jakarta. Dalam hal ini yang berarti sumber pembiayaan pembangunan MRT Jakarta menggunakan jenis konvensional dan non konvensional.
Pinjaman ini diberikan jangka waktu oleh  JICA untuk pengembalian yang bervariasi. Persetujuan peminjaman atau kerja sama ini ditandai dengan kesepakatan pada tahpan pembangunan pertama. Di tahap pembangunan pertama, pemerintah menghabiskan hampir kurang lebih Rp. 14,2 triliun. Jumlah tersebut belum ditambah dengan uang konsekuensi variations order dan price adjustments kurang lebih senilai Rp. 2,6 triliun.
Pada tahap pertama pemerintah diberikan waktu 30 tahun dengan waktu tenggang pembayaran 10 tahun, jadi total 40 tahun waktu pembiayaan pelunasan. Sedangkan pada tahap kedua dipinjamkan kembali uang sebesar kurang lebih Rp. 9,4 triliun oleh JICA. Diberikan jangka waktu pengembalian 30 tahun dengan tenggang waktu 12 tahun dengan total pengembalian 42 tahun.
Dalam kesepakatan Direktur Keuangan dan Administrasi PT MRT Jakarta Tuhiyat menjelaskan, pembayaran untuk pelunasan dibagi dua yang mana 51% dibebankan kepada Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD) Pemerintah Provinsi DKI Jakarta dalam bentuk pinjaman yang harus dikembalikan, dan sisanya 49% dibebankan kepada Anggaran Pendapatan dan Pembelanjaan Negara (APBN) atau pemerintah Pusat RI, dengan kata lain dihibahkan ke Pemerintahan Provinsi DKI Jakarta.
Selain itu, Direktur Keuangan menjelaskan bahwa PT. MRT Jakarta sendiri tidak mengelola dana pinjaman tersebut, melainkan JICA yang melakukan pembayaran langsung ke setiap kontraktor yang mengerjakan proyek tersebut. Sedangkan PT. MRT bersama dengan Pemerintahan yang terkait hanya melakukan verifikasi terhadap laporan pengeluaran dan tagihan yang diberikan kontraktor. Hasil verifikasi ini yang diteruskan ke Kementrian Keuangan RI dan meneruskan ke JICA.
Tahap pertama dengan Jalur Selatan-Utara yang merupakan jalur pertama pembangunan yang akan dibangun. pembangunan tahap pertama ini menghubungkan dari Lebak Bulu, Jakarta Selatan menuju Bunderan HI dengan jarak 15,5 km dengan jumlah 13 stasiun yang mana terdapat 7 stasiun layang dan 6 stasiun bawah tanah.
