Pendidikan di Indonesia sangatlah rentan terhadap masalah karena di semua aspeknya terdapat persoalan yang perlu diselesaikan. Penurunan moral telah merajalela dalam dunia pendidikan sehingga menjadi sorotan utama dalam dunia pendidikan. Hal ini bisa dilihat dari banyaknya perkelahian antar pelajar, pembulian antar teman, kasus narkoba yang menjerat siswa, dan banyak lagi hal lainnya yang bersifat negatif.
 Upaya tersebut semakin mendesak pendidikan di Indonesia, dalam kajian apakah sesungguhnya pendidikan karakter itu? Pertanyaan tersebut penting untuk dijawab karena terlibat pada rancangan kurikulum dan pola pembelajaran yang akan dirumuskan dan dikembangkan. Pada sisi lain, pendidikan karakter masih sebatas pendidikan akhlak, akhlak yang bersifat tindakan (filiyah) seperti mencium tangan gurunya, memakai jilbab, jika bertemu guru mengucapkan salam. Semua itu dibangun bukan dari proses pembentukan karakter pribadi siswa, tetapi lebih disebabkan oleh penanaman ideologi dan teologi. Dengan demikian guru harus mampu memposisikan dirinya sebagai pendidik karakter dalam bidang apapun(Koesoema, 2006).
Sebagai upaya untuk menjawab permasalahan tersebut, perlu adanya paradigma baru dari guru tentang pendidikan dalam metode pembelajaran yang berbasis Al-Quran disekolah-sekolah. Pembinaan pendidikan dengan menggunakan metode pembelajaran berbasis Al-Quran dilakukan oleh guru Biologi, dengan menggabungkan nilai-nilai yang terdapat di Al-Quran dalam kegiatan pembelajaran. Nilai yang dimaksud dapat berupa nilai moral keagamaan. Dengan pendidikan yang menggunakan pembelajaran berbasis Al-Quran dapat menjadi metode yang baik untuk membantu pembentukan karakter siswa yang memiliki sifat dan akhlak/moral yang baik, meningkatkan imtaq (iman dan taqwa), memiliki peningkatan hasil belajar yang baik, serta dapat dapat menggunakan ilmunya untuk hal-hal yang baik (beramal shaleh). Sehingga siswa tidak hanya memahami bidang teknologi saja akan tetapi dengan pembelajaran biologi berbasis Al-Quran dapat menjadi metode yang baik dalam membentuk karakter siswa.
1. Pembelajaran biologi berbasis Al-Quran
Biologi merupakan cabang ilmu yang mempelajari dan berkaitan dengan ilmu alam yang menjelaskan tentang organisme kehidupan beserta lingkungan sekitar. Al-Quran dan As-sunah telah memberikan penjelasan yang mencakup semua aspek kehidupan, termasuk penelitian ilmiah. Jadi, kegiatan ilmiah merupakan bagian yang menyeluruh dari semua sistem Islam dimana masing-masing bagian memberikan sumbangan terhadap yang lainnya.
Al-Quran sangat menekankan pentingnya membaca baik itu membaca ilmu-ilmu sains seperti biologi, fisika, kimia, ilmu kedokteran dan lainnya sebagai tanda kekuasaan Allah yang perlu dipikirkan oleh manusia. Sedangkan pandangan Al-Quran tentang sains dan teknologi dapat diketahui dari wahyu pertama yang diterima Nabi Muhammad Shollahualaihi Wasalam yaitu Q.S al-alaq: 1-5. Dalam ayat pertama menjelaskan tentang kata iqra, menurut Quraish Shihab, diambil dari kata yang berarti menghimpun. Dari menghimpun lahir bermacam-macam makna seperti menyampaikan, menelaah, mendalami, meneliti, dan membaca baik yang tertulis maupun tidak. Sedangkan dari segi objeknya, perintah iqra itu mencakup segala sesuatu yang dapat dijangkau oleh manusia. (Shihab.1996).
Fakta tentang biologi telah disebut dalam Al-Quran yang dibuktikan oleh para ilmuwan saat ini. Ilmu biologi mencakup manusia, hewan, dan tumbuhan yang dirumuskan lagi dalam berbagai cabang ilmu yang lebih khusus seperti embriologi, botani, zoologi, dan sebagainya. Adapun materi-materi pembelajaran biologi berbasis Al-Quran yang akan diuraikan diantaranya sebagai berikut:
a. Semua makhluk hidup tersusun atas senyawa air
b. Asal terjadinya kehidupan tercatat dalam Al-Quran yaitu berasal dari air. Hal ini sebagaimana telah dijelaskan dalam Q.S Al-Anbiya ayat 30
Apakah orang-orang kafir tidak mengetahui bahwa langit dan bumi, keduanya, dahulu menyatu, kemudian Kami memisahkan keduanya dan Kami menjadikan segala sesuatu yang hidup berasal dari air? Maka, tidakkah mereka beriman?
(QS. Al-Anbiya: 30)
