Penyebaran Virus corona  itu kini sungguh mengkhawatirkan dunia..  China telah menjadi pusat dari infeksi virus ini  dan terus menimbulkan kekhawatiran global, termasuk di Indonesia. Penelusuran penyebaran virus dan karakteristiknya perlu dipahami, serta kewaspadaan perlu dijaga
 Perlu diketahui bahwa dalam 20 tahun terakhir, China telah terjadi  wabah penyakit yang disebabkan oleh virus , termasuk flu burung pada tahun 1997, sindrom pernafasan akut yang parah (SARS) pada tahun 2003,  dan demam parah dengan sindrom trombositopenia (SFTS) pada 2010. Krisis terbaru adalah wabah pneumonia virus yang sedang berlangsung dengan etiologi yang tidak diketahui di kota Wuhan, China. Pada tanggal 12 Desember 2019, Komisi Kesehatan Kota Wuhan (WMHC) melaporkan 27 kasus pneumonia virus dengan 7 di antaranya kritis ( Ji et al., 2020), Â
Semua mereka, yang penderita itu  memiliki riwayat paparan terkait dengan Pasar Grosir Makanan Laut Huanan, disana juga dijual unggas, kelelawar, dan ular. Pada 3 Januari 2020, WMHC memperbarui jumlah kasus menjadi total 44 dengan 11 di antaranya dalam kondisi kritis. Pada 5 Januari, jumlah kasus meningkat menjadi 59 dengan 7 pasien sakit kritis.
Wabah pneumonia virus  itu tidak disebabkan oleh  virus  corona  sindrom pernafasan akut yang parah (SARS-CoV), Middle East Respiratory Syndrome coronavirus (MERS-CoV), virus influenza, atau adenovirus sebagaimana ditentukan oleh tes laboratorium.
 Pada 10 Januari, dilaporkan bahwa  virus  corona  baru yang dilabel dengan kode 2019-nCoV oleh Organisasi Kesehatan Dunia (WHO)  diidentifikasi dengan mengurutkan genom virus RNA-nya, yang dirilis melalui virological.org.  Lebih penting lagi, virus yang baru diidentifikasi  itu juga telah diisolasi dari satu pasien. Penentuan urutan RNA virus telah memungkinkan untuk mengembangkan metode reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) untuk mendeteksi RNA virus dalam sampel  pasien dan host potensial. Akibatnya, 217 pasien dipastikan terinfeksi dengan  virus  corona  2019-nCoV yang baru diidentifikasi, dan tiga pasien meninggal pada 20 Januari 2020. Beberapa pasien yang bepergian dari Wuhan juga dilaporkan di Thailand, Singapura, Hong Kong, Korea Selatan dan Jepang. Sebanyak 14 sekuens lengkap  virus  corona baru dirilis ke GISAID.
Keluarga coronavirinae ini  terdiri dari empat genus berdasarkan sifat genetiknya, yakni  genus Alphacoronavirus, genus Betacoronavirus, genus Gammacoronavirus, dan genus Deltacoronavirus. Genom RNA  virus  corona  (berkisar antara 26 hingga 32 kb) adalah yang terbesar di antara semua virus RNA.  Virus  corona  dapat menginfeksi mamalia, burung, dan reptil, termasuk manusia, babi, sapi, kuda, unta, kucing, anjing, tikus, burung, kelelawar, kelinci, musang, mink, ular, dan berbagai spesies satwa liar. Banyak infeksi  virus  corona  bersifat subklinis.  Virus  corona  menyebabkan sindrom pernafasan akut yang parah (SARS-CoV) dan  virus  corona  sindrom pernafasan Timur Tengah (MERS-CoV) termasuk dalam genus Betacoronavirus dan merupakan patogen zoonosis yang dapat menyebabkan penyakit pernapasan parah pada manusia.
Wabah pneumonia virus di Wuhan dikaitkan dengan pajanan di pasar grosir makanan laut Huanan, menunjukkan kemungkinan zoonosis. Pasar makanan laut juga menjual hewan hidup seperti ular, marmut, kelelawar, burung, katak, landak, dan kelinci. Tidak ada bukti yang menunjukkan inang satwa liar tertentu sebagai reservoir virus. Studi tentang  penggunaan stop kodon relatif sinonim (RSCU) antara virus dan inangnya menunjukkan bahwa virus cenderung mengembangkan  penggunaan stop  kodon yang sebanding dengan inangnya. Untuk mencari reservoir virus potensial, Ji dan kawan-kawan  telah melakukan analisis dan perbandingan urutan yang komprehensif. Hasil dari analisisnya  menunjukkan bahwa ular adalah satwa liar yang paling mungkin bertanggung jawab atas berjangkitnya infeksi 2019-nCoV saat ini. Lebih menarik lagi, rekombinasi homolog yang tidak diketahui asal-usulnya teridentifikasi dalam spike glikoprotein pada 2019-nCoV, yang dapat menjelaskan penurunan patogenesisnya, penularan spesies lintas ular ke manusia, dan penyebaran orang-orang yang terbatas.
REKOMBINASI HOMOLOG DALAM SPIKE GLIKOPROTEIN DAPAT MENINGKATKAN PENULARAN LINTAS SPESIES.
Rekombinasi homolog adalah kekuatan evolusi yang penting dan penelitian sebelumnya telah menemukan bahwa rekombinasi homolog terjadi pada banyak virus, termasuk virus Dengue, virus human immunodeficiency, virus hepatitis B, virus hepatitis C dan virus hepatitis babi klasik. Analisis plot kesamaan 2019-nCoV mengungkapkan bahwa rekombinasi homolog terjadi antara strain Clade A (bat-coronaviruses) dan isolat yang tidak diketahui asalnya pada 21500-24000bp, yang terletak di dalam spike glikoprotein n yang mengenali reseptor permukaan sel. Karakteristik ini menunjukkan bahwa rekombinasi homolog dalam spike-glikoprotein dapat meningkatkan penyebaran spesies lintas 2019-nCoV ke manusia.
ULAR SEBAGAI RESERVOIR SATWA LIAR PALING MUNGKIN UNTUK 2019-NCOV.
Sebagai mikroorganisme parasit, pola penggunaan kodon virus menyerupai inangnya sampai batas tertentu. RSCU menunjukkan bahwa 2019-nCoV, kelelawar-SL-CoVZC, dan ular dari Cina memiliki  penggunaan stop  kodon sinonim yang sama. Jarak euclide kuadrat menunjukkan bahwa 2019-nCoV dan ular dari Cina memiliki kesamaan tertinggi dalam penggunaan stop  kodon identik dibandingkan dengan marmota, landak, manis, kelelawar, burung dan manusia. Dua jenis ular, yang mengandung Bungarus multicinctus (krait berikat banyak) dan Naja Atra (kobra Cina) digunakan untuk analisis RSCU. Jarak euclide kuadrat antara 2019-nCoV dan Bungarus multicinctus adalah 12,77. Jarak antara 2019-nCoV dan ular lain Naja Atra adalah 14,70. Namun, jarak antara 2019-nCoV dan hewan lain lebih besar dari 24, khususnya 24,87 untuk marmota, 25,92 untuk landak, 26,81 untuk manis, 27,47 untuk kelelawar, 29,07 untuk kelelawar, 29,07 untuk burung, dan 35,44 untuk manusia. Data ini menunjukkan bahwa 2019-nCoV dapat digunakan secara lebih efektif
