Setelah menerima Supersemar, Soeharto melangkahi kewenangan Presiden Sukarno dengan membubarkan PKI sehari setelahnya, Soeharto juga menangkap 15 menteri pendukung Sukarno, memulangkan anggota Cakrabirawa, dan mengontrol media massa di bawah Puspen Angkatan Darat.
Resimen Cakrabirawa dibekukan atau dibubarkan pada tanggal 28 Maret 1966.Tugas untuk menjamin keselamatan pribadi Presiden beserta keluarganya diserahkan dan digantikan oleh Satgas Pomad (Polisi Militer Angkatan Darat).
Selain Supersemar, Presiden Sukarno juga menerbitkan Instruksi Presiden (Inpres) No. 09/Koga/5/1966, tanggal 13 Mei 1966.
Dari Inpres tersebut dibentuk Tim Screening Pusat, Tim Pemeriksa Pusat dan Daerah, serta Tim Oditur/Jaksa yang bertugas melakukan penindakan hukum pidana terhadap para tahanan atas orang-orang yang diduga terlibat dalam Gerakan 30 September (G30S) dengan prinsip penyelesaian: 1) tetap mengedepankan hukum, azas keadilan, 2) memperhatikan kemanusiaan dan 3) tidak boleh mengganggu keamanan.
Omar Dhani dituduh mendukung PKI dan pada tanggal 25 Desember 1966 diadili dan divonis hukuman mati.
Letkol Untung hanya salah satu yang melalui proses hukum dan dijatuhi hukuman mati di Cimahi. Grasinya ditolak dan harus berhadapan oleh para regu tembak tahun 1966. Selebihnya yang terjadi adalah "pembunuhan massal" yang menyimpang dari Instruksi Presiden Sukarno.
Pada tahun 1980 hukuman mati Omar Dhani diubah menjadi seumur hidup. Setelah mendapat grasi, Omar Dhani bisa menghirup udara bebas pada 15 Agustus 1995 setelah meringkuk di dalam penjara selama 29 tahun. Ini juga agak aneh, jika benar Omar Dhani terlibat G30S mengapa diberi grasi oleh Soeharto?
7) Dengan Supersemar, jika dalih pemulihan keamanan, mengapa bukan hanya orang PKI saja yang ada di kabinet dan MPRS yang ditangkap tapi juga mempreteli loyalis Presiden Sukarno yang bukan PKI? Lalu anggota MPRS diisi oleh yang anti Sukarno dan dipimpin AH Nasution sehingga bulat menolak pertanggungjawaban Presiden Sukarno yang disebut Nawaksara tanggal 22 Juni 1966. Kemudian Sukarno melengkapi Nawaksara pada tanggal 10 Januari 1967 dengan tegas mengutuk G30S atau Gestok (Gerakan Satu Oktober)
Menurut Sukarno munculnya G30S disebabkan oleh tiga hal yakni, 1) pimpinan PKI yang keblinger, 2) subversi nekolim atau unsur asing, 3) adanya oknum yang tidak bertanggung jawab.
Bagaimana mungkin seorang presiden yang menghadapi kudeta Gerakan 30 September terhadap dirinya malah dipaksa mempertanggungjawabkan terjadinya peristiwa itu?
"Kalau saya disuruh bertanggung jawab atas terjadinya G30S/PKI, maka saya menanya siapa yang harus dimintai pertanggungjawaban atas usaha pembunuhan kepada Presiden/Pangti dalam tujuh peristiwa selama ini?" tanya Sukarno kepada anggota MPRS.
