Dari tiga kali laga yang mereka jalani pada penyisihan grup, Nipon mengalami kekalahan dari peserta lainnya yaitu Argentina, Kroasia dan Jamaika.
Pada Piala Dunia tahun 2002, Jepang adalah tuan rumah bersama Korea Selatan. Ini untuk pertama kalinya piala dunia penyelenggaranya adalah tuan rumah bersama. Juga dalam sejarah, Jepang untuk pertama kalinya lolos ke 16 besar.Â
Saat itu skuad Samurai ini berada satu grup bersama dengan Rusia, Belgia dan Tunisia. Samurai Biru berhasil mencapai fase gugur untuk pertama kalinya dalam sejarah.
Berada di grup H, Samurai Biru menang dalam dua laga dan bermain imbang satu laga. Mereka mengalahkan Rusia dengan 1-0 dan Tunisia dengan skor 2-0, serta bermain imbang 1-1 dengan Belgia.
Mengumpulkan 7 poin meraih posisi sebagai juara grup H sementara itu sebagai runner up adalah Belgia dengan 5 poin.
Namun akhirnya pada babak 16 besar, mereka harus menyerah dari skuad Turki yang saat itu menjadi juara ketiga pada akhir turnmaen.Â
Piala Dunia 2010
Pada edisi tahun 2006, Jepang berada dalam grup bersama dengan Australia, Kroasia dan Brazil. Mereka gagal lolos dari fase grup karena kalah bersaing dengan peserta lainnya.
Namun empat tahun kemudian pada Piala Dunia Afrika Selatan tahun 2010, mereka pada akhirnya kembali menembus babak 16 besar untuk kedua kalinya.
Samurai Biru berhasil meraih kemenangan dalam dua laga penyisihan grup. Mereka menang 1-0 atas Kamerun dan 3-1 atas Denmark serta kalah 0-1 dari Belanda.
Kembali langkah mereka akhirnya harus terhenti di babak 16 besar setelah kalah 3-5 dalam drama adu tendangan penalti melawan Paraguay. Kedua tim bermain 0-0 Â hingga 90 menit dan perpanjangan waktu.
Selanjutnya, Jepang kembali gagal mentas dari babak grup pada Piala Dunia edisi 2014. Mereka kalah bersaing dengan Kolombia, Yunani dan Pantai Gading.
