Menerapkan software accounting di perusahaan tidaklah mudah. Beberapa penyebab mengapa bisa terjadi kegagalan setiap kali menerapkan software accounting antara lain:
1.     Karyawan sudah memiliki kebiasaan bekerja, pola lama khususnya bekerja secara manual. Kalaupun sudah pakai software, cenderung perlu belajar beberapa saat untuk penerapan software baru. Untuk kesulitan terakhir pada umumnya mudah diatasi, sedangkan untuk yang pola lama memang membutuhkan waktu.
2.     Pimpinan perusahaan tidak komitmen terhadap perubahan sehingga kalau ada karyawan yang keberatan memakai software, pimpinan (pemilik usaha) mengiyakan yang dilatar belakangi ketakutan kehilangan karyawan yang menurutnya sangat dipercaya, bisa mewakili pimpinan jika pimpinan tidak ada, atau masalah senioritas.
3.     Masalah lainnya yang sangat krusial adalah jika yang poin pertama dan kedua tidak ada masalah, tetapi perusahaan belum memiliki system management yang baku. Dimana fungsi-fungsi pada jabatan tumpang tindih, sehingga sangat beresiko menimbulkan atau mengundang kecurangan-kecurangan yang dilakukan oleh karyawan. Carut marut seperti ini menyebabkan kegagalan dalam mengaplikasikan software, dimana penggunaan software sangat membutuhkan fungsi-fungsi yang jelas dan terspesialisasi. Software accounting pada umumnya didesain untuk fungsi-fungsi yang terspesialisasi, sehingga karyawan bisa saling mengontrol pekerjaan satu sama lainnya.
Untuk mengatasi hambatan yang ketiga, dibawah ini terdapat langkah-langkah yang harus dilakukan sebelum software accounting diaplikasikan. Langkah-langkah tersebut antara lain :
1. Susun struktur organisasi
Menyusun struktur organisasi selain untuk efisiensi Sumber daya manusia di perusahaan, juga untuk mengetahui fungsi-fungsi yang sebenarnya ada di dalam organisasi. Jangan sampai terlalu banyak orang pada fungsi yang sama, sehingga aplikasi software nantinya benar-benar membantu keefektipan pekerjaan karyawan. Selain itu kalau software accounting yang dibeli itu berdasarkan licensi, maka struktur organisasi yang dibuat dapat membantu bagian mana yang membutuhkan licensi. Kerena percuma memberikan licensi dikomputer karyawan, tapi karyawan tidak berkepentingan terhadap penggunaan software. Nah, ini banyak terjadi kekeliruan sehingga perusahaan buang-buang budget karena tidak menetapkan terlebih dahulu siapa penginput data, yang melakukan otorisasi dan yang hanya sekedar membaca laporan.
2. Susun Job description
Menyusun Job description adalah salah satu cara menspesialisasi pekerjaan agar tiap karyawan tidak bekerja tumpang tindih (overlapping) sehingga memudahkan trainer sofware accounting untuk mengatur hak akses ke software, karena tidak semua bagian software boleh dibuka oleh karyawan yang tidak berkepentingan.
3. Susun SOP (Standard operational procedure)
Susun standard operasional prosedur supaya kinerja karyawan memiliki alur yang sudah sangat standard, sehingga aplikasi software dapat terlaksana dengan baik. SOP ( Standard operasional procedure) memang tidak bisa dibuat dalam waktu singkat, dan sering membutuhkan pihak ketiga (konsultan) yang bisa mengamati (helikopter view) semua proses bisnis penting dalam organisasi perusahaan. Minimal SOP dibuat secara garis besar, yaitu flow-flow inti dari proses bisnis. Lalu menarik dari job description sebagai acuan dalam pembuatan SOP. SOP sederhana bisa dibuat sesuai versi masing-masing agar aplikasi software mengikuti jalur yang sudah ditentukan.
