Berdasarkan bentuk dan sifat-sifat fisik tertentu, protein dapat diklasifikasikan menjadi 2 golongan utama yaitu protein globular dan protein serabut.
Protein globular memiliki rantai-rantai ikatan peptida yang terlipat rapat membentuk bula padat (globular).
Protein ini bersifat larut di dalam air dan cepat berdifusi serta bergerak dinamik.
Sebagian besar enzim merupakan golongan protein globular, seperti protein transport pada darah, anti bodi, dan protein nutrien.
Protein ini bersifat tidak larut di dalam air, merupakan molekul serabut panjang, dan tidak membentuk globular.Protein serabut memiliki peran sebagai pelindung ataupun struktural.
Protein ini dijumpai pada rambut dan wol dalam bentuk alfa keratin, fibroin dari sutera, dan kolagen dari urat.
Selain itu, protein filamen juga dapat digolongkan dalam jenis protein ini. Protein filamen dapat berupa aktin dan miosin pada otot serta protofilamen pada mikrotubul.
