Timbulnya pandemi covid-19 ini menumbulkan banyak pengaruh pada beberapa aspek terutama dalam bidang pendidikan dan dalam bidang pendidikan di Indonesia terdapat pendidikan berbasis pesantren atau pesantren itu sendiri yang mana sistem pendidikan dalam pesantren sedikit berbeda dengan satuan pendidikan lainnya yang mengharuskan pembelajaran langsung atau tatap muka.
Sehingga karena adanya covid-19 ini  pemerintah menghimbau sekolah-sekolah untuk melakukan kegiatan belajar mengajar agar dilakukan secara daring atau online, namun hal ini tidak dapat dilakukan oleh pesantren Karena dalam pesantren mempunyai sistem pembelajaran tatap muka yang tidak bisa dihindari dan tidak bisa digantikan oleh sistem pembelajaran online atau jarak jauh, karena dalam pesantren mempunyai pembelajaran yang bertujuan transformasi pengetahuan dengan praktik langsung atas pengetahuan yang sudah diajarkan atau sedang diajarkan oleh para santri, dan pendidikan dalam pesantren juga bertujuan untuk membentuk kepribadian santri juga melatih akhlak santri agar sesuai dengan syari'at islam maka dari itu pembelajaran dalam pesantren tidak dapat digantikan oleh pola pembelajran jarak jauh.
Maka kementrian agama mengeluarkan panduan pembelajaran bagi pesantren yang merupakan pendidikan keagamaan islam berasrama, dan di dalamanya terdapat satuan pendidikan yaitu Pendidikan Diniyah Formal (PFD), Mu'adalah, Ma'had Aly, Pendidikan Kesetaraan Pada Pesantren Salafiyah, Madrasah/Sekolah, Perguruan Tinggi, dan kajian kitab kuning(nonformal). Selain pesantren ada juga MDT dan LPQ yang diselenggarakan secara berasrama juga berlaku juga di sekolah Kristen meliputi SDTK, SMPTK, SMTK dan PTKK yang memberlakukan sistem asrama.
Dalam hal ini kementrian agama mengeluarkan kebijakan untuk pembelajaran tatap muka yang dilakukan oleh pesantren dan yang lainnya berupa :
1. Membentuk gugus tugas percepatan penanganan Covid-19;
2. Memiliki fasilitas yang memenuhi protokol kesehatan;
3. Aman dari Covid-19, dibuktikan dengan surat keterangan dari gugus tugas percepatan penanganan Covid-19 atau pemerintah daerah setempat;
4. Pimpinan, pengelola, pendidik, dan peserta didik dalam kondisi sehat, dibuktikan dengan surat keterangan sehat dari fasilitas pelayanan kesehatan setempat.
Oleh karena itu sudah ada beberapa pesantren yang melakukan kegiatan pembelajaran tatap muka, namun tetap dengan memenuhi syarat-syarat dan protokol kesehatan seperti menyediakan washtafel yang banyak, menjaga kebersihan, selalu mencuci tangan, menggunakan masker, dan menggunakan air yang mengalir di kamar mandi.
Dalam hal ini salah satu sekolah mu'adalah atau pesantren di kajen melakukan pembelajaran tatap muka dengan sistem shifting yaitu sistem bergantian, jadi tidak semua siswa masuk sekolah setiap harinya, sehingga sekolah dilakukan setiap dua hari sekali karena setiap kelas yang biasanya berisi -+ 40 orang maka karena mengahruskan adanya jaga jarak sehingga satu kelas hanya diisi oleh setengahnya saja, dengan tetap memenuhi protokol yaitu memakai masker, mencuci tangan sebelum masuk ruangan dan di ukur suhu badannya.
Dan di pesantren sendiri tetap dilakukan kegiatan sebagai mana mestinya seperti mengaji kitab kuning, mengaji Al-qur'an kepada ustazdahnya masing-masing dan melakukan kegiatan rutinitas pesantren, namun karena dalam situasi pendemi seperti ini beberapa pesantren memberikan kegiatan tambahan pada para santri seperti rajin senam pada pagi hari, lebih sering melakukan kerja bakti agar lingkungan pesantren menjadi lebih bersih, para pengurus pesantren juga menghimbau untuk mengingatkan agar santri selalu mencuci tangan dengan sabun, menjaga kebersihan pribadi, serta langsung mengambil tindakan jika ada santri yang terkena batuk dan pilek dengan segera dipindahkan ke ruang isolasi agar tidak menular ke teman-teman yang lain.
