Pada masa inilah, kemudian datang Musso dari Praha Ceckoslovakia pada 1948 dengan propaganda "jalan baru" nya, Musso kemudian melakukan fusi atau penyatuan partai berhaluan komunis menjadi PKI seperti  awal pembentukan.
Setelah melakukan konsolidasi dengan melakukan berbagai rapat dan tindakan-tindakan provokatif terhadap pemerintah Soekarno-Hatta.
Musso dan PKI-nya melakukan pemberontakan di Madiun pada bulan September 1948 mereka menusuk dari belakang saat bangsa Indonesia sedang menghadapi agresi militer Belanda ke II.
Namun upaya Musso dan PKI dapat digagalkan oleh pemerintah Indonesia saat itu, Musso mati ditembal dalam pelariannya dan ribuan orang terbunuh dan ditahan.
Saat itu, karena fokus pemerintah pada perang melawan Belanda, pengusutan pemberontakan PKI ini tak tuntas dilakukan pemerintah. PKI sebagai organisasi tak dibubarkan atau dinyatakan terlarang, tapi PKI memilih tiarap hingga tahun 1951.
PKI kembali muncul lagi di awal tahun 1951 di tangan anak-anak muda seperti DN Aidit, Nyoto, dan MH Lukman. Mereka berhasil membesarkan PKI dengan sangat cepat, pada Pemilu 1955 PKI berhasil meraih 16,4 persen suara dan menduduki peringkat ke-4 partai peraih suara terbanyak.
Namun, kemudian sejarah kembali berulang "L'historie se repete". PKI kembali terlibat dalam pemberontakan, kali ini dalam skala lebih besar.
Peristiwa kelam 30 September 1965 menjadi ulah PKI terakhir dalam menelikung bangsa ini. Tanggal 2 Oktober tahun yang sama PKI resmi dibubarkan dan dinyatakan sebagai partai terlarang hingga saat ini melalui Tap MPRS XXV/1966.
Namun peristiwa itu belakangan terus menjadi kontroversi hingga saat ini, peristiwa ini pun kerap dijadikan jualan isu politik oleh mereka yang tengah mencari panggung.
Sejarah itu buat dipelajari dan diambil hikmahnya agar yang buruk tak terulang lagi, bukan buat dijadikan komoditas politik apalagi untul tujuan memecah belah.
