Dalam kongres tersebut  selain menetapkan nama organisasi, PKI juga membentuk susunan pengurus pertamanya. Kongres memutuskan Semaun sebagai ketua dan Darsono sebagai wakilnya.
Dan pada tahun itu pula PKI menyatakan dirinya bergabung dalam Komintem bentukan Lenin. Meskipun sudah secara resmi menjadi organisasi tersendiri PKI tetap membolehkan anggotanya untuk merangkap keanggotaannya di SI.
Lantaran mereka sadar SI masih merupakan magnet utama untuk menggaet massa bagi PKI. Walaupun pada beberapa tahun kemudian SI hijau yang dimotori KH Agus Salim dan Tjokroaminoto menarik garis tegas dengan PKI dengan melarang rangkap keanggotaan antar kedua organisasi itu.
Namun dalam beberapa hal mereka tetap bekerja berdampingan terutama dalam perkara perjuangan melawan penjajah, yakni pemerintah Hindia Belanda.
Pertumbuhan PKI pada masa awalnya terbantu dengan kondisi sosial yang terjadi saat itu makin memuncak terutama masalah konflik-konflik pertanahan antara petani dan penguasa Hindia Belanda di sejumlah wilayah seperti Banten dan Sumatera Barat.
Hingga puncaknya pada tahun 1926 PKI di dukung oleh para petani dan kelompok Islam termasuk SI melakukan pemberontakan di Banten dan pada 1927 di Silungkang Sumatera Barat.
Namun pemberontakan tersebut tak berlangsung lama, Pemerintah Hindia Belanda berhasil menumpas mereka. Henk Sneevliet sendiri telah kembali ke Belanda saat kejadian ini terjadi, ia di hukum mati Nazi pada tahun 1942 karena aktivitasnya di Belanda pada masa pendudukan Nazi
Sementara yang lain ada sekitar 1300 an orang beserta keluarganya dibuang ke Boven Digul, Papua. Sementara petinggi PKI yang berhasil lolos dan kabur ke Uni Sovyet  adalah Darsono.
PKI sendiri sebagai sebuah organisasi dihancurkan oleh pemerintah Hindia Belanda. Sejak itu PKI bergerak di bawah tanah sehingga disebut PKI-Ilegal sampai masa pendudukan Jepang.
Pada masa revolusi kemerdekaan, kaum komunis terpecah, PKI-Ilegal, Partai Sosialis, Partai Buruh Indonesia, PKI Moehammad Joesoeph, dan Pesindo.
